Chargé de Recherche en informatique

Le 25/11/2022

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Entretien

Êtes-vous un chargé de recherche en bioinformatique ?

Je me suis longtemps posé la question. En fait, je n’ai aucune compétence particulière en biologie. Ceux qui me connaissent ont l’habitude de m’entendre dire que j’ai arrêté la biologie en Terminale, et c’est vrai. Je me considère donc plutôt comme un chercheur en informatique (appliquée), pour la biologie.

Quelle est la particularité de la recherche en bioinformatique ?

Mon sentiment, c’est que la biologie est en retard sur l’outil informatique. Il y a des exceptions, bien sûr, mais par rapport à la statistique, à la physique, à la chimie, il y a relativement peu de personnes qui ont les compétences dans les deux domaines.

Personnellement, je le vois comme une chance : il y a tant à faire ! Nous avons des décennies d’avancées conceptuelles en informatique, qui ne demandent que d’être appliquées à la biologie.

Quels sont vos domaines de recherche ou d’expertise ?

L’analyse de séquences. J’aime bien regarder comment traiter les données en sortie de séquenceur, notamment pour le RNA-Seq, ou l’assemblage.

Concrètement, en quoi cela consiste ?

Tout d’abord, tenter de comprendre quelques questions d’intérêt pour la communauté. Ça ne sert à rien de faire un outil qui ne sera utilisé par personne. Cela nécessite donc pas mal de collaborations avec des collègues et notamment des biologistes (voir point suivant).

Une fois que je suis sûr qu’il y une question importante, et qu’il n’existe pas d’outil qui permette de la résoudre, je me lance. Je commence par regarder les méthodes qui abordent des problèmes similaires, et je regarde s’il y a des bonnes idées à piocher. Ensuite, l’implémentation, et la comparaison par rapport aux autres outils (s’ils existent).

Collaborez-vous avec des biologistes ? Quel type de collaboration est-ce ?

Oui, très régulièrement. Je discute avec des chercheurs biologistes, afin d’identifier les points de blocage informatiques. Ensuite, il faut laisser du temps pour le développement.

Quel avenir imaginez-vous pour la bioinformatique ?

Je pense qu’elle va se diffuser de plus en plus. J’espère que la culture en bioinformatique va s’imprégner de plus en plus chez les collègues biologistes. À notre charge de mettre en place des outils simples et efficaces pour qu’ils soient utilisés !

Votre message à destination des étudiants/jeunes bioinformaticiens ?

Euh… la bioinfo, c’est cool ?