Enseignante-Chercheuse en Bioinformatique

Le 24/11/2022

Carte d'identité:

Entretien

Quels sont vos domaines de recherche ou d’expertise ?

Je m’intéresse à la détection et l’analyse d’un type d’éléments répétés (les éléments transposables) des génomes dans les données de séquençage afin d’étudier l’impact de leur dynamique sur la structure et l’évolution des génomes.

Concrètement, en quoi cela consiste ?

La majeure partie de mon temps est consacré à l’enseignement. Très investie dans cette tâche, j’ai été responsable de la formation de Master en Bioinformatique à Montpellier deux ans après mon recrutement et cela pendant 6 ans. Durant ces années, j’ai eu la chance de pouvoir accompagner des étudiants dans leur projet professionnel mais aussi développer des projets d’innovation pédagogiques autour des sciences en Omics (Les « Montpellier Omics Days » et le projet pédagogique BILL).

Le reste de mon temps est consacré à ma recherche. Mon travail de recherche consiste à mettre en place des outils bioinformatiques pour la détection et le génotypage de manière automatique des insertions d’éléments transposables via l’analyse des lectures d’ADN courtes et longues issues de séquençage. Les technologies de séquençage évoluant très rapidement, je suis amenée à faire de la veille technologique, ce qui me conduit à mettre à jour/adapter les outils développés et tester l’apport des nouvelles technologies dans le cadre de mes projets de recherche.
Après validation des outils développés, je les utilise pour des données issues de laboratoire ou publiques. L’analyse des résultats générés me permet ensuite de mieux comprendre comment et à quel rythme ces éléments s’insèrent mais aussi disparaissent des génomes. L’analyse fonctionnelle de gènes à proximité d’insertions d’éléments transposables peut par la suite permettre de suggérer l’impact d’éléments sur la modification d’expression de gènes.

Collaborez-vous avec des biologistes ? Quel type de collaboration est-ce ?

Je travaille avec des informaticiens, bioinformaticiens et biologistes dans différents projets de recherche. Alors que je porte ou co-porte certains projets, je suis partenaire pour d’autres et apporte mes compétences en BioInformatique/Génomique ainsi que sur la dynamique des éléments transposables.

Quel avenir imaginez-vous pour la bioinformatique ?

Avec l’avancée des technologies de séquençage et les nombreux développements pour l’assemblage et l’annotation des génomes, la génomique est amenée à continuer son ascension. Il sera bientôt possible d’assembler en routine de nombreux génomes complets (T2T) et de les annoter. Il sera donc de plus en plus important de partager toutes ces données génomiques générées de manière intelligible et répertorier la pléthore d’outils développés.

Votre message à destination des étudiants/jeunes bioinformaticiens ?

Bienvenu du côté obscur de la force : « Le plus dur vous avez déjà fait en choisissant ce domaine ». Ne vous limitez pas à ne travailler que sur votre projet de recherche en restant à votre bureau, poser des questions autour de vous et parler de vos recherches aux membres de vos laboratoires. Ce sera le meilleur moyen de vous faire connaitre, faire connaitre la bioinformatique mais aussi de comprendre la vie des laboratoires, l’organisation, les animations scientifiques, les sources de financement, les différentes possibilités de poste …