Ingénieur de Recherche en Calcul Scientifique

Le 24/11/2022

Carte d'identité:

Entretien

Quels sont vos domaines de recherche ou d’expertise ?

En tant que bio-analyste j’ai développé au fil des années des compétences dans l’analyse de données (méta)-génomiques, (méta)-transcriptomique sur les organismes et les environnements marins.

En tant que responsable de la plateforme de bioinformatique de Roscoff (ABiMS), j’assure la double mission de pilotage de la plateforme et je supervise le développement de l'infrastructure informatique de centre.

Concrètement, en quoi cela consiste ?

Le service au sein duquel j’évolue a été développé il y a vingt ans comme une plateforme destinée à répondre aux besoins locaux des biologistes de Roscoff qui se lançaient alors dans des projets d’envergure sur des modèles marins émergeant ou des études de diversité à échelle multiple. Ces projets nécessitaient de mettre en place à Roscoff de nouvelles méthodes informatiques pour stocker, organiser, analyser et mettre à disposition ces données. Il était également nécessaire de mettre en place des formations pour accompagner les collègues biologistes dans ces changements.

Mon activité au sein de la plateforme en tant que bioanalyste puis en tant que responsable a été d’une part de répondre et d’anticiper les besoins locaux au travers de différents projets collaboratifs et d'inscrire la plateforme progressivement dans le paysage national.

A l’heure actuelle la plateforme ABiMS est positionnée au sein infrastructure de recherche nationale IFB (Institut Français de Bioinformatique) et identifiée également en tant que centre de données et service in-situ de l'infrastructure ODATIS /Data Terra dédiée à l'observation du système Terre.

Collaborez-vous avec des biologistes ? Quel type de collaboration est-ce ?

La collaboration avec les biologistes est au cœur du fonctionnement d’une plateforme de service et mon activité de bioanalyste.

La plateforme s'appuie sur une infrastructure de calcul et de stockage et propose des services d'expertise collaboratifs en gestion de données, e-inftrastucture, ingénierie logiciel et base de données et bioanalyse (qui est mon domaine d'expertise). A titre personnel je traite entre quinze et vingt de projets de bioanalyse par an qui se construisent comme de réelles collaborations. Il s’agit de tisser un véritable échange avec la - le biologiste, un accompagnement tout au long de son projet allant de la prise en charge de ses données brutes, leur analyse, leur mise à disposition dans les entrepôts de référence, la publication des résultats et enfin la transmission des méthodes d’analyses aux collaborateurs.

Quel avenir imaginez-vous pour la bioinformatique ?

Un des enjeux de la bioinformatique dans les années à venir dans le domaine de la bio analyse sera celui de la traçabilité et de la reproductibilité. Il nous faut en tant qu’analyste intégrer des méthodes de travail qui favorisent la FAIRification des données et des protocoles de traitements.

En tant que responsable d’infrastructure l’enjeux va être d’arriver à accompagner le changement de paradigme associé au déplacement progressif de nos infrastructures de calcul au sein de Datacenters régionaux ou nationaux labellisés. Cette modification, extrêmement impactante en terme de gestion et de financement doit rester la plus transparente possible pour nos utilisateurs.

Votre message à destination des étudiants/jeunes bioinformaticiens ?

Diversifiez vos expériences lors de vos stages ou votre parcours professionnel tant d’un point de vue géographique que thématique en expérimentant le métier de bio-informaticien au sein d’une équipe de recherche, mais également au sein d’une plateforme.

Enrichissez-vous scientifiquement et personnellement en travaillant sur des modèles d’organismes variés. L’Homme, la Souris, ou Arabidopsis sont de magnifiques sujets d’études mais la bioinformatique, tant dans une approche « modèle centrée » que dans le cadre d’études de diversité, à l’échelle d’une cellule ou d’un environnement, nous offre la possibilité d’explorer l’immense diversité du vivant. Soyez curieux !