Mots-Clés

deep learning sequence clustering metagenomique shotgun virus

Description

Notre groupe applique la métagénomique à l'étude de l'écologie des viromes, principalement chez les moustiques et les humains. En outre, nous explorons l'utilisation de la métagénomique pour le diagnostic et la surveillance environnementale des virus. Dans ce contexte, nous travaillons dans l'amélioration des pipelines bioinformatiques appliqués à ces lignes de recherche. Le projet de thèse participera à ce dernier objectif par l'implémentation d'outils basés sur le Deep Learning dans nos pipelines. Plus spécifiquement, les deux objectifs principaux seront d'implémenter des outils pour le clustering de séquences virales et l'identification de l'hôte de nouveaux virus. De plus, le projet implique l'analyse des données générés dans le groupe ou dans des bases de données publiques avec les nouveaux outils.