Mots-Clés

alternance master bioinformatique master informatique plateforme web données génomiques

Description

L’Institut et la structure d’accueil

Au sein de l’unité SG2M (Santé Génétique Microbiologie des Mollusques), le Laboratoire de Génétique et Pathologie des Mollusques Marins (LGPMM), localisé à La Tremblade, centre ses objectifs sur la valorisation des compétences et l'acquisition de connaissances dans le domaine de la robustesse et de la santé des espèces d'intérêt en aquaculture marine avec une spécificité marquée pour les mollusques bivalves, les interactions avec les agents pathogènes associés, et les bases génétiques des réponses mises en place par les protagonistes évoluant dans un milieu ouvert et changeant.

Le LGPMM est adossé au Laboratoire National de Référence (LNR) et au Laboratoire de Référence de l’Union Européenne (LRUE) pour les maladies des mollusques marins. Ces deux laboratoires de référence ont pour objectifs i) d’assurer un niveau élevé de qualité et d'uniformité des résultats analytiques au sein des laboratoires agréés et reconnus et des LNRs européens, ii) d’apporter un soutien scientifique et technique à l’autorité compétente ou aux réseaux de laboratoires, iii) de contribuer à l’étude de la santé des cheptels de mollusques bivalves marins par le développement, la validation et le transfert de nouvelles méthodes diagnostiques. Ces objectifs ne peuvent être pleinement atteints que si le partage de connaissance, d’expertise et de données, s’effectue rapidement et efficacement vers les laboratoires agréés et reconnus en France et les LNR Européen ainsi que vers la communauté de recherche. Les méthodes de surveillance et de diagnostic des maladies des mollusques marins sont en pleine évolution, s’orientant de plus en plus vers les nouvelles technologies de séquençage générant, en conséquence, un nouveau besoin de mettre en place des outils collaboratifs de partage de séquences génétiques et/ou génomiques et des métadonnées qui leur sont associées.

Activités principales 

Le poste à pourvoir sera positionné au sein de l’équipe pathologie du LGPMM et a pour objectif final de mettre en place un outil de partage de séquences génomiques et d’analyses afin de valoriser au mieux les données génomiques disponibles et souvent sous exploitées et faciliter les échanges inter-laboratoires. Différentes tâches seront à réaliser :

1. Recenser, évaluer et tester un panel d'outils existants (synthèse bibliographique)
2. Harmoniser le formatage des données génomiques et de leurs métadonnées en quantité importante et grandissante au laboratoire
3. Construire une base de données pour le stockage de ces données
4. Mettre en place un portail utilisateur permettant l’accès à la base de données et offrant des fonctionnalités évolutives d’étude de la variation de séquences et de son interprétation
5. Documenter et organiser plusieurs tests avec des publics variés pour s’assurer que l’expérience utilisateur est bonne et adapté aux besoins.

L’alternant.e travaillera en étroite collaboration avec le service bioinformatique (SeBiMER) pendant toute la durée de son contrat.

Champ relationnel

• En interne : Service de Bioinformatique de l'Ifremer (SeBiMER)
• En externe : LNRs européens

Profil

Contrat en alternance en vue de la préparation d'un Master ou diplôme d'ingénieur en Bioinformatique ou en Informatique.

Compétences

Compétences techniques / métiers 

• Être capable d’évoluer dans un environnement transdisciplinaire
• Esprit d’équipe
• Autonomie
• Curiosité
• Esprit de synthèse

Qualités personnelles 

• Maîtrise de l’environnement Unix
• Maîtrise de la création et de la gestion de base de données 
• Bonnes notions en développent web 
• Goût prononcé pour la programmation informatique
• Expérience en traitement de données NGS et/ou intérêt pour les analyses évolutives et épidémiologiques seraient un plus.