Mots-Clés

Bioinformatique Génomique Diagnostique Recherche Biostatistique

Description

Description du poste

L'Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (AP - HP) est le centre hospitalier universitaire (CHU) d’Île-De-France. Ses missions sont le soin, la recherche et l’enseignement. À dimension internationale, il est constitué de 39 hôpitaux, organisés en 6 groupes hospitaliers universitaires, qui accueillent plus de 7 millions de patients par an.

La Direction des Systèmes d’Information (DSI) de l’AP-HP a pour mission d'assister le Directeur Général dans la conception, le pilotage et la mise en œuvre de la politique système d’information. Au sein de la DSI, le pôle Innovations & Données constitué d’environ 120 personnes, a pour missions d’adresser les enjeux croissants relatifs à l’accès et au traitement des données pour l’innovation, la recherche, le pilotage et le développement de la médecine de précision.

La plateforme bioinformatique MOABI – Multi Omics Analysis & BIoInformatic – de l’AP-HP est l’un des 7 service du pôle I&D. Plusieurs facteurs contribuent à faire de la génétique un des axes de développement majeurs à l’AP-HP :

• Avènement de la médecine personnalisée et prédictive
• Innovations technologiques majeures dans les domaines du séquençage et des systèmes d’information
• Augmentation significative de l’activité de génétique en clinique ainsi que dans les projets de recherche
• Transition progressive des panels de gènes vers l’exome et le génome ;
• Dans ce contexte, la plateforme de bioinformatique définie comme supra-GH a pour missions :
•  La centralisation progressive du stockage des données de génomique produites au niveau de 39 hôpitaux
• Leur analyse dans le cadre de processus maitrisés et normalisés
• La mise à disposition d’outils d’exploitation des résultats
• L’animation d'une communauté bioinformatique de l’AP-HP regroupant plusieurs dizaines d'ingénieurs
• Le support technique et scientifique, la formation
• La veille technologique en bioinformatique

Le personnel de la plateforme propose une activité de services et d'expertise aux pôles de biologie de l’AP-HP face aux difficultés rencontrées localement dans leur gestion informatique du séquençage (conduite de projets scientifiques, infrastructures, logiciels ou ressources humaines en bioinformatique).

Afin de renforcer ses activités bioinformatiques, la plateforme MOABI recherche un.e ingénieur.e en bioinformatique, dont les missions seront les suivantes :

• Assurer une veille scientifique afin de proposer les méthodes d’analyses de données de séquençage à la pointe de l’innovation
• Proposer, mettre au point et valider des solutions d’analyse de données de séquençage à visée diagnostique et recherche
• Appliquer des méthodes statistiques classiques et développer des méthodes innovantes (auto-apprentissage) pour l’interprétation des données
• Apporter un support / Former les utilisateurs à ces solutions
• Monter / suivre / valoriser les projets de recherche en bioinformatique portés par l’AP-HP
• Participer à la conception des projets de développements logiciels conduits par la plateforme
• Participer au déploiement des solutions MOABI : accompagner les laboratoires de génétique dans l’analyse de leurs données

Compétences professionnelles

• Expérience d’au moins 2 ans en analyses de donnée de séquençage (Maîtrise des concepts et outils biostatistiques et bioinformatiques, en particulier ceux utilisés en génomique et pour les analyses de données NGS)
• Excellente connaissance des méthodes statistiques classiques et de leurs applications
• Excellente connaissance d’un langage de script (Python, Bash)
• Excellente connaissance de R
• Maîtrise de l'environnement Linux/Unix
• Pratique courante de l'anglais écrit et oral
• Connaissance des algorithmes d’auto-apprentissage
• Connaissances en pathologie moléculaire
• Organisation et gestion de projet

Compétences interpersonnelles

• Excellentes qualités relationnelles et organisationnelles
• Excellentes qualités de communication
• Excellent esprit d'équipe et sens relationnel
• Autonomie, rigueur, méthode
• Capacité de travail très importante, associée à un fort dynamisme
• Capacité de communication sur son travail
• Curiosité et capacité d’adaptation et d’anticipation
• Fort intérêt pour le domaine des sciences biologiques et/ou médicales
• Adhésion aux valeurs du service public et intérêt prononcé pour le domaine de la santé
• Adhésion aux valeurs de partage de connaissances et de compétences

Qualifications

Ingénieur(e) A+ et/ou PhD et/ou MD (Bioinformatique, Mathématiques, Biostatistique, Informatique)

Informations

• CDI à pourvoir dès que possible avec possibilité de télétravail jusqu’à 3 jours par semaines
• Dossier de candidature : Lettre de motivation et CV

Contact

• romain.daveau@aphp.fr
• guillaume.meurice@aphp.fr
• alban.lermine@aphp.fr