Mots-Clés

NGS DEA Assemblage métagénomique

Description

> La société

    La société ViroScan3D est une société de biotechnologie créée en 2012 et localisée à la Faculté de Médecine et Pharmacie Rockefeller (Lyon 8ème). Sa mission est de réaliser des prestations de génomique clefs en mains, depuis le traitement des échantillons jusqu’à l’analyse des données. La société travaille pour des clients académiques et privés. De plus, ViroScan3D travaille en étroite collaboration avec ProfileXpert, une plateforme publique de génomique spécialisée en oncologie et en single cell.

> Environnement de travail

     La personne recrutée renforcera l’équipe d’analystes (composée de 3 bioinformaticiens) et sera sous la direction du responsable bioinformatique. Elle travaillera sur un HPCC sous Linux et collaborera avec les biologistes (6 personnes) pour la mise en place des plans expérimentaux.

> Mission

    La principale mission du poste est de designer, mettre en place, maintenir et utiliser différents pipelines bioinformatiques (analyse de séquences) à thématique NGS répondant aux différents besoins de la société :

• analyse d’expression différentielle et d’enrichissement fonctionnelle
• assemblage/reconstruction et annotation de génomes (viraux et bactériens)
• analyse des modifications génomiques : SNP, CNV, …
• métagénomique
• ...
  

> Profil

    >> Requis :

• Bac +5 en bioinformatique (ou Bac +3 avec une solide expérience)
• Expérience sur des données de séquençage de seconde et/ou troisième génération
• Maitriser au moins un langage de programmation de haut niveau
• Notions de base en statistiques
• Expérience de travail sous un environnement Linux
• Efficience dans la recherche bibliographique
• Maîtrise de l’anglais scientifique

    >> Optionnel :

• Expérience de travail sur un cluster de calcul
• Maitrise d’un outil de gestion de pipelines (Bpipe, Dagr, NextFlox, Snakemake, …) et de Docker
• Compétences d’administration systèmes et réseaux

> Contrat

• CDD d’un an avec possibilité de poursuite en CDI
• Poste à pourvoir dès Aout/Septembre 2021
• Salaire selon profil

> Candidature

Envoyer votre CV par mail :

• contact : Abdelghafar GOUMAIDI <abdel.goumaidi@viroscan3d.com>
• objet : JI-BI-082021_Prenom_Nom