Ingenieur en développement d'applications web
CDD · IE · 12 mois Bac+5 / Master LIRMM · Montpellier (France)
Date de prise de poste : 1 septembre 2021
Mots-Clés
phylogénomique python Django
Description
La plateforme de bioinformatique ATGC [1] hebergee par le LIRMM [2] recrute un ingenieur en CDD pour 12 mois. Le projet consiste a developper une application web dediee aux analyses phylogenomiques.
L'ingenieur travaillera dans un environnement stimulant au sein de l'equipe MAB [3]. L'equipe est reconnue internationalement pour ses recherches en phylogenie. Ces travaux ont conduit a la mise en place de services mondialement utilises en bioinformatique evolutive (par exemple phylogeny.fr: Dereeper et al. 2008 et NGphylogeny.fr: Lemoine et al. 2019). Le logiciel PhyML (Guindon et al. 2010, [4]) est une reference du domaine avec plus de 20000 citations et des milliers d'utilisateurs a travers le monde.
En interaction avec les chercheurs et les ingenieurs de la plateforme, l'ingenieur devra:
- Concevoir et developper une interface web conviviale (dans le meme esprit que NGphylogeny.fr) permettant aux utilisateurs de concevoir et realiser leurs analyses de phylogenomique.
- Integrer un ensemble de methodes d'inference d'arbres d'especes et d'arbres de genes (problematique des superarbres) comme PhySIC_IST (Scornavacca et al. 2008) ou ASTRAL (Mirarab et al. 2015).
- Integer des methodes pour la reconciliation d'arbres de genes et d'arbres d'especes comme ecceTERA (Jacox et al. 2016).
- Automatiser la gestion des calculs requis par les analyses sur des environnements de type cluster de calcul.
- Developper des solutions de representation graphique de combinaisons complexes d'evenements (speciation, duplication de gene, perte de gene, transfert horizontal, ...) pour visualiser les resultats.
Competences souhaitees:
- Programmation : python - Web : Django, CSS 3, Ajax, API REST, JSON, bootstrap, Angular
- Environnement : Linux, cloud, Singularity
- Calcul : cluster (SGE, SLURM)
- Des competences ou un interet pour la phylogenie et l'evolution seraient appreciees
- Gout pour le travail en equipe et l'interaction avec des partenaires biologistes
[1] http://www.atgc-montpellier.fr/
Candidature
Procédure : Les candidatures doivent se faire en ligne sur le portail emploi du CNRS: https://emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/UMR5506-VINLEF-003/Default.aspx
Date limite : 9 juillet 2021
Contacts
Vincent Lefort
viNOSPAMncent.lefort@lirmm.fr
https://emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/UMR5506-VINLEF-003/Default.aspx
Offre publiée le 2 juin 2021, affichage jusqu'au 27 août 2021