Mots-Clés

Workflow, RNAseq, Annotation

Description

Innolea, société de recherche en Oléagineux pour les semenciers français: Euralis, RAGT et Limagrain recherche un(e) Ingénieur(e) en bioinformatique.

Nous recherchons un bioinformaticien avec un esprit d'équipe pour s'intégrer dans la plateforme de bioinformatique constituée de trois personnes. L'équipe doit faire face à un nombre de génomes séquencés et assemblés de plus en plus importants pour les espèces d'intérêts. Il est notamment nécessaire d'y intégrer des données transcriptomiques (RNAseq) et des annotations fonctionnelles afin de mener à bien nos projets de recherche.

Votre mission:

Vous travaillerez sur le développement de workflow et l'intégration de données omiques dans nos outils de visualisation et d'interrogation.

Dans ce contexte, vous assurerez en particulier:

• le développement de pipelines pour l'analyse de données,
• participerez aux différentes activités de la plateforme en utilisant les pipelines déjà en place.

Votre profil:

Avec un bac +5 minimum en bioinformatique. Vous avez connaissance du traitement des données génomiques et transcriptomiques, de l'annotation des séquences. Idéalement, vous avez une expérience du framework Nextflow et de l'intégration de données dans l'outil JBrowse.

Maîtrise des concepts et outils bioinformatique, en particulier pour les analyses RNAseq et l'annotation fonctionnelle,

• Langages Python et/ou Perl
• Utilisation de l'environnement Linux/Unix, clusters de calculs hautes performances (Slurm)
• Utilisation de git
• Anglais scientifique