Mots-Clés

base de données, transcriptomique

Description

Contexte

L’IRHS (Institut de Recherche en Horticulture et Semences) est une unité de recherche localisée à Beaucouzé/Angers regroupant 250 personnes sous les tutelles de INRAE, Agrocampus Ouest et Université d’Angers (https://www6.angers-nantes.inrae.fr/irhs). L’IRHS rassemble les expertises de généticiens/génomiciens, phytopathologistes, physiologistes, écophysiologistes, biochimistes, modélisateurs, bioinformaticiens et biophysiciens au service de la qualité et santé des espèces horticoles et de la production de semences. L’ingénieur en bioinformatique recruté travaillera au sein de l’équipe BIDefI (Bioinformatics for plant Defense Investigation) dans le cadre d’un projet ANR visant à caractériser des peptides sécrétés impliqués dans le contrôle des voies de défense chez la plante modèle Arabidopsis thaliana.

Mission

L’ingénieur sera impliqué dans le développement et l’utilisation de pipeline intégrant des données transcriptomiques (RNA-seq), des analyses de séquences (clustering, prédiction de motifs) et des données peptidomiques pour identifier de nouveaux peptides de signalisation. Il aura également en charge le développement d’une base de données relationnelle et d’un système d’interfaces associé pour intégrer et consulter les principaux résultats du projet.

Profil

Master en Bioinformatique.
Maitrise des langages PYTHON et JAVASCRIPT et de la programmation orientée objet.
Expérience en SQL et bases de données.
Des compétences en annotation fonctionnelle des génomes et en transcriptomique seraient appréciées. 

Poste à pourvoir entre septembre et novembre 2021.
Envoyez CV et lettre de motivation à sebastien.aubourg@inrae.fr