Mots-Clés

séquençage, épigénétique, méthylation de l’ADN, RNA-sequencing, Enzymatic Methylation-sequencing, addiction

Description

(Français)

Mission

L'agent(e) recruté(e) contribuera à remplir les objectifs de notre équipe en termes d'analyse bioinformatique de données de séquençage de nouvelle génération. Le contrat d'un an est renouvelable pendant au moins 12 mois supplémentaires.

Activités

L'agent(e) recruté(e) sera responsable de la réalisation d'analyses de données de séquençage de nouvelle génération portant sur la méthylation de l'ADN (EM-Seq) et l'expression des gènes (RNA-Seq). Ces données sont issues de nos travaux portant sur les mécanismes épigénétiques des opiacés, et leurs implications dans les pathologies psychiatriques (addiction, dépression). Ceci impliquera notamment : 1) la réalisation de contrôles qualités des lectures et leur alignement sur le génome murin de référence, 2) pour le RNA-Seq : la quantification de l'expression des gènes et l'analyse d'expression différentielle ; 3) pour l'EM-Seq : la quantification du niveau de méthylation de cytosines individuelles, et l'analyse de méthylation différentielle. Dans un second temps, il/elle sera également amené à réaliser des analyses intégratives et de biologie des systèmes (par exemple WGCNA).

Compétences

1) Une expérience préalable dans la recherche en bioinformatique est nécessaire (niveau master ou thèse). 2) Une expérience préalable dans l'utilisation des langages R ou Python est nécessaire, ainsi que des connaissances en biologie. 3) Une expérience dans les domaines suivants est également souhaitée : traitement et l'analyse de données épigénétiques (de préférence portant sur la méthylation de l'ADN) ; utilisation d'un centre de calcul et d'un gestionnaire de tâches (par exemple Slurm) ; utilisation d'environnements virtuels (par exemple Conda, venv) ; utilisation de pipelines d'analyses standardisés (par exemple Snakemake). 4) L'agent(e) devra faire preuve d'autonomie et d'organisation. 5) Il/Elle sera amené(e) à travailler en équipe avec le chercheur, la doctorante et l'ingénieur de recherche du laboratoire impliqués dans ce projet.

Contexte de travail

L'agent(e) intégrera l'équipe « Neuroanatomie, Douleurs et Psychopathologies » à l'Institut des Neurosciences Cellulaires et Intégratives (INCI UPR 3212). Il/Elle participera au projet « Signature épigénétique des opiacés » mené grâce à un financement de l'ANR. Notre institut offre un environnement de travail stimulant, convivial et international, puisque de très nombreuses nationalités sont représentées.

(English)

Missions

The recruited agent will contribute to fulfill the team's objective in terms of bioinformatic analysis of next-generation sequencing data. The initial 1-year contract is renewable for at least 12 more months.

Activities

The agent will be responsible for conducting bioinformatic analyses of next generation sequencing data related to DNA methylation (EM-Sequencing approach) and gene expression (RNA-Sequencing). These data were generated in the context of our work on epigenetic mechanisms of opiates, and their implication in psychiatric disorders (addiction, depression), which we investigate in the mouse. This will notably include: 1) Performing quality controls on raw data, and aligning reads on the mouse reference genome; 2) For RNA-Sequencing: counting gene expression and conducting differential expression analysis; 3) For EM-Sequencing: conducting methylation calling at individual cytosines and performing differential methylation analysis. Then, the agent will conduct integrative analyses and systems biology approaches (using e.g. network theory and tools such as WGCNA).

Skills

1) Previous experience in bioinformatics is mandatory (at MSc or PhD level). 2) Previous experience in the use of the progamming languages R or Python is mandatory, as well as general knowledge in biology. 3) Previous experience in the following domains is also recommended: processing and analysis of epigenetic data (notably in relation to DNA methylation); use of a computing center, and workload managers (eg Slurm); use of virtual environments (Conda, venv, etc) and workflow management systems (eg Snakemake). 4) The agent is expected to work independantly and to show strong organizational skills 5) He/She will participate in team work in close collaboration with the Principal Investigator, the PhD student and the Research Engineer that are implicated in the project.

Context

The agent will be part part of the team "Neuroanatomy, pain and psychopathology" at the Institute of Cellular and Integrative Neurosciences (INCI UPR 3212). He/She will integrate the research project entitled "Epigenetic signatures of opiates" conducted in our team thanks to funding from the 'Agence Nationale de la Recherche (ANR)'. Our institute provides a stimulating, friendly and international environment, with numerous students and researchers coming from all over the world.