Mots-Clés

Analyse traitement intégration NGS séquençage

Description

Dans le but de comprendre le fonctionnement des organismes vivants, le Centre de biologie intégrative (CBI) de Toulouse développe des approches multidisciplinaires, multi-échelles des molécules isolées aux organismes entiers et aux sociétés animales, et utilise de nombreux organismes modèles, des bactéries à l'homme. Parmi les principaux thèmes de recherche la biologie de l'ARN, l'organisation, la dynamique et l'évolution des chromosomes, le cycle cellulaire, la dynamique et mécanique cellulaire et la biologie du développement font appel aux techniques de séquençage dit de « nouvelle génération » (ou NGS).

La plateforme technologique interne d’analyse bioinformatique des données génomiques (big-A) accompagne donc les équipes de recherche souhaitant faire appel à ce type de techniques. Elle accompagne une dizaine d’équipes de recherche travaillant sur des thématiques variées et faisant appel à une large palette de méthodologies moléculaires à base de NGS afin d’étudier, entre autre, l’expression des gènes dans les cellules, les interactions entre les protéines et l’ADN et la conformation spatiale des chromosomes et le rôle des ARN non-codants. L'apprenti travaillera sur la plateforme, sous la tutelle de Marion Aguirrebengoa, Ingénieure d'Etudes en Bioinformatique et en étroite collaboration avec les responsables des équipes ayant généré les données : Didier Trouche, Gaelle Legube et Jérome Cavaille. Ses principales missions seront :

-Manipulation de données de séquençage haut débit (ChIP-Seq, ATAC-seq, Hi-C et RNA-Seq)

-Exploration, traitement et analyse des données à l'aide d'outils existants : Nettoyage, Alignement, Conversion, Visualisation (outils bash, Unix, python)

-Développement de nouvelles approches : Identification de domaines différentiellement exprimés dans des régions non annotées du génome, analyse de positionnement des nucléosomes, recherche de corrélations entre différents jeux de données, normalisation, ... (outils R, python)

-Éventuellement, conception et développement d'outils ou applications (interfaces graphiques, ...) pour la visualisation/exploration des données qui soient accessibles à des biologistes (outils R, Shiny)

-Présentation des résultats afin d'acquérir la maîtrise des communications écrites/orales, en Français et Anglais