Mots-Clés

métagénomique virus assemblage metabarcoding

Description

Localisée à l’Institut Pasteur de Guadeloupe qui fait partie du réseau International des Instituts Pasteur, l’Unité de recherche Transmission, réservoirs et diversité des Pathogènes possède 3 axes principaux de recherche, l’entomologie médicale au travers de méthode innovante de lutte contre les vecteurs, la diffusion environnementale de la résistance aux antibiotiques et les pathogènes de l’environnement et en particulier les amibes libres. Sur tous ces axes les analyses bioinformatiques sont un enjeu majeur et sont en plein développement à l’Institut Pasteur de Guadeloupe.

Dans cet objectif, nous recherchons un bioinformaticien qui s’intégrera dans l’unité et collaborera avec les biologistes et les autres bioinformaticiens.

Missions & activités

Dans le cadre d’études menées à l’IPG sur le microbiome des moustiques d’une part et sur le microbiome d’amibes d’autre part, nous recherchons un chercheur/ingénieur en bio-informatique ayant un fort background en méta-génomique ciblée (metabarcoding) ou shotgun, qui connaît bien les méthodologies d’analyse de données métagénomique de la constitution de la table d’OTU à l’analyse statistiques de comparaison d’échantillons (WGS/NGS) et qui maitrise le logiciel R pour l’exploitation et la représentation graphique des résultats. Une connaissance complémentaire en métagénomique virale ou génomique des virus est un plus.

Parmi les activités qui seront à mener :

    -  Prétraitement des lectures Illumina (nettoyage, clustering, suppression de chimères) pour l’obtention de tables d’OTU représentatifs

    -  Assignation taxonomique, en utilisant des bases de données appropriées selon l’étude menée sur moustiques (16S) ou amibes (16S et 18S)

    - Post-analyse approfondie des échantillons: analyse de diversité (alpha et beta diversité) et analyse statistiques de comparaison d’échantillons

    -  Assemblage de génomes de virus

    - Recherche de variants génétiques (SNP Calling) sur virus

    - Phylogénie

Profil

Titulaire d’un Doctorat ou d’un diplôme d’ingénieur avec une spécialisation en bio-informatique, data science et/ou mathématiques appliquées, vous avez l’expérience de l’analyse de données métagénomiques 16S et 18S.  Sur le plan opérationnel, une bonne compétence en informatique avec capacité de programmation (R, bash, python) est nécessaire ainsi qu’une maîtrise du travail sous environnement Linux. En équipe avec d’autres bioinformaticiens de l’IPG, vous serez amené à travailler sur un serveur de calcul local ainsi que sur le cluster de calcul de l’Université des Antilles pour paralléliser et optimiser le temps de calcul des analyses

Expérience souhaitée : première expérience si possible mais non indispensable.