Mots-Clés

Linux HPC Diagnostic Génomique Cancer Maladies Rares Whole Genome

Description

Description du poste:

Ingénieur Systèmes & Réseaux Linux

Description du projet SeqOIA:

Le projet SeqOIA (Sequencing, Omics, Information Analysis), la plateforme génomique de Paris Région, porté par l’Assistance Publique Hôpitaux de Paris, l’Institut Curie et Gustave Roussy a été sélectionné par le Ministère des Solidarités et de la Santé dans le cadre de l’appel à projet pour la mise en œuvre et l’évaluation de projets pilotes de plateformes de séquençage très haut débit à visée sanitaire, du Plan France Médecine Génomique 2025 qui promeut la mise en œuvre et la prospective sur 10 ans des conditions de l’accès au diagnostic génétique en France. SeqOIA répond à un triple enjeu :

• De santé publique, en proposant, grâce à une modification du parcours et l’organisation des soins, un accès égal au séquençage qu’il s’agisse de besoins diagnostiques, pronostiques ou thérapeutiques ;

• Scientifique, technologique et clinique, en permettant une meilleure compréhension des pathologies dans les domaines du cancer, des maladies rares et des maladies communes, ainsi qu’en développant une expertise bio-informatique en sciences du calcul et des données ;

• Economique en développant une nouvelle filière industrielle et en réduisant les coûts pour le système de soin.

Le Laboratoire de Biologie Médicale a démarré son activité début 2019 après une phase d’initialisation de six mois. L’objectif est de séquencer 18 000 équivalents génomes par an en 2022 pour répondre aux besoins nationaux. Articulée autour de 9 laboratoires de médecine génomique, la plateforme est dotée d’un partenaire industriel pour le séquençage à très haut débit.

Elle se base sur une structure unique de bio-informatique utilisant une infrastructure de stockage et de calcul hébergée au sein de l’AP-HP, agréée à l’hébergement des données de santé. Elle est capable de prendre en charge non seulement les échantillons issus des 3 établissements porteurs du projet, mais aussi des échantillons issus des établissements hors GCS, au niveau régional ou national, garantissant un accès égal au séquençage.

Les partenaires de SeqOIA possèdent une expertise unique dans le domaine des maladies rares avec plus de 50% des centres de référence maladies rares (CRMR) français réalisant plus 130 000 consultations par an et un adossement recherche unique en France en particulier au sein de l’IHU Imagine, institut dédié aux maladies rares génétiques et partenaire du projet. En ce qui concerne le cancer, à eux trois, l’AP-HP, l’Institut Curie et Gustave Roussy réalisent 58% des séjours en Ile de France en 2015 (640 372 séjours), 49% des séances de chimiothérapie (204 541 séances) et 79% des séances de radiothérapie (258 675 séances). Ils traitent 86 821 patients, soit 44% des patients suivis pour cancer en Ile-de-France. Au niveau national, 17% des patients ayant un diagnostic principal de cancer sont pris en charge en Ile-de-France.

Doté d’une équipe bioinformatique dédiée (SeqOIA-IT), SeqOIA développe et déploie ses propres solutions logicielles innovantes pour la prescription médicale (SPICE), l’analyse et l’interprétation des données (GLEAVES).

Description des missions de l’ingénieur Systèmes & Réseaux Linux:

Sous la hiérarchie du Responsable HPC & Big Data, le (la) candidat(e) aura pour missions :

• Le maintien en conditions opérationnelles de l’infrastructure, du cluster de calcul et du stockage distribué

• Le support des bio-informaticiens de SeqOIA-IT et des personnels de SeqOIA-GEN

• La définition et la conception des évolutions du système d’information (modernisation, optimisations, passage à l’échelle) ;

• La rédaction des procédures, documentation de configuration et d'architecture.

Formations et/ou qualifications:

Bac + 5 – Grande école d’ingénieur ou formation universitaire équivalente (M2, PhD) en informatique.

Profil:

Le (la) candidat(e) dispose d’une expérience d’au moins 3 ans dans l’administration et la maintenance de systèmes distribués qui lui ont permis d’acquérir :

• Des connaissances de solutions Open source, des approches DevOps et du développement Agile ;

• Un savoir-faire en intégration des systèmes IT ;

• Un esprit d’analyse et de rigueur, autonomie et goût pour les prises d’initiatives ;

• D’excellentes qualités relationnelles et organisationnelles ;

• Un bon niveau d’anglais (lu, écrit, parlé).

Enfin nous cherchons une personne en adéquation avec les valeurs de l’hôpital public et dotée d’une appétence pour les défis ambitieux et d’une sensibilité aux valeurs d’intégrité scientifique.

Domaine d’expertise:

Passionné(e) par l’ingénierie informatique et l’Open Source, le (la) candidat(e) conçoit , déploie et intègre des solutions grâce à ses compétences déjà acquises et à venir.

Compétences techniques fortement souhaitées:

• Administration et maintenance de clusters de calcul scientifique ;

• Administration et maintenance de solutions de stockage distribué ;

• Administration des systèmes, réseaux et sécurité : méthodes et outils de monitoring et de diagnostique ;

• Automatisation du système d’information : Déploiement automatisé, configuration centralisée, scripting.

Compétences techniques appréciées:

• Cloud privé, virtualisation et para-virtualisation

• Déploiement et administration de bases de données (relationnelles et NoSQL) et de moteurs de recherche

• Connaissance en langage de programmation (Python, Java) et leurs outils (git, CI/CD, ...)