Mots-Clés

Diagnostic Génomique Cancer Maladies Rares Whole Genome

Description

Description du poste :

Ingénieur Bioinformatique, Intégration

https://laboratoire-seqoia.fr

Description du projet SeqOIA :

Le projet SeqOIA (Sequencing, Omics, Information Analysis), la plateforme génomique de Paris Région, porté par l’Assistance Publique Hôpitaux de Paris, l’Institut Curie et Gustave Roussy a été sélectionné par le Ministère des Solidarités et de la Santé dans le cadre de l’appel à projet pour la mise en œuvre et l’évaluation de projets pilotes de plateformes de séquençage très haut débit à visée sanitaire, du Plan France Médecine Génomique 2025 qui promeut la mise en œuvre et la prospective sur 10 ans des conditions de l’accès au diagnostic génétique en France.

Doté d’une équipe bioinformatique dédiée (SeqOIA-IT), SeqOIA développe et déploie ses propres solutions logicielles innovantes pour la prescription médicale (SPICE), l’analyse et l’interprétation des données (GLEAVES). Elle s’appuie par ailleurs sur une infrastructure de calcul et stockage HPC de 4000+ cœurs, 18+To RAM, 2 Po de scratch et 10 Po d’archivage.

Formations et/ou qualifications:

Bac + 5 – Grande école d’ingénieur ou formation universitaire équivalente (M2, PhD) en bioinformatique.

Description des missions de l’ingénieur Bioinformatique, Intégration :

Sous la hiérarchie du Directeur de la plateforme bioinformatique SeqOIA-IT, le (la) candidat(e) exerce les missions suivantes :

• Gestion et surveillance des analyses bioinformatiques exécutées dans le cadre industriel

• Maintien d’un environnement informatique de production optimal

• Support envers les différents acteurs impliqués dans la chaîne de traitement de données de séquençage

• Complétion et innovation de la stratégie d’intégration industrielle des chaînes de traitement des données de séquençage à visée diagnostic

• Mise à jour des chaînes de traitements et implémentation des nouveaux outils d’analyse dans le cadre industriel défini

Les compétences requises :

Le (la) candidat(e) devra disposer des compétences suivantes :

• Excellente connaissance d’un langage de script (Python, Bash) et R

• Excellente connaissance des web services (REST, SOAP)

• Bonnes pratiques de développement informatique (gestion de versions, tests fonctionnels, etc..) amenant à la production d’un code fiable

• Connaissance des environnements virtuels (Docker)

• Excellentes qualités relationnelles et organisationnelles

• Adéquation avec les valeurs de l’hôpital public et d’une appétence pour les défis ambitieux

• Faire preuve de rigueur et d’une capacité organisationnelle.

Enfin, nous recherchons avant tout une personne ayant d’excellentes qualités relationnelles et organisationnelles, aimant travailler en équipe, et disposant d’une adéquation avec les valeurs de l’hôpital public, d’une appétence pour les défis ambitieux, et d’une sensibilité aux valeurs d’intégrité scientifique.