Mots-Clés

Génomique, Génétique des populations, ADN ancien, Domestication Animale

Description

• Missions

En lien avec les objectifs du projet PEGASUS (http://orlandoludovic.wixsite.com/pegasus-erc), le projet de recherche mené par le/la candidate devra éclairer l'histoire de la domestication du cheval, depuis sa domestication précoce jusqu'à la sélection intensive des races modernes.
L'approche principale consistera à analyser le génome de chevaux, mules et ânes anciens afin de déchiffrer comment ces systèmes ont été modifiés par l'homme dans différents contextes culturels et historiques, au gré d'épisodes de sélection et de mélange.

• Activités

Selon les périodes ciblées, cette approche devra être couplée avec les données et/ou hypothèses émergeant d'archives archéologiques et de divers documents historiques, rendus disponibles grâce au vaste réseau d'archéozoologues et d'historiens prenant part au projet.

Le/la candidat(e) retenu(e) consacrera l'essentiel de son temps à la réalisation de son projet de recherche dans le cadre de travail international et collectif du projet PEGASUS.
Il/elle effectuera les analyses computationnelles nécessaires à l'avancée du projet, et portant sur les données génomiques déjà obtenues pour plusieurs centaines d'équidés anciens et plusieurs centaines d'équidés modernes.
Il/elle interagira avec un vaste réseau d'archéo(zoo)logues afin de permettre des interprétations fines des données en liaison avec les contextes archéologiques.
Il/elle contribuera activement aux publications collectives du projet.

• Compétences

Le/la candidat(e) a soutenu avec succès un doctorat dans les domaines de la génomique évolutive dans les cinq dernières années.
Le/la candidat(e) maitrise un ou plusieurs langages informatiques.
Le/la candidate a une expérience solide dans le domaine de l'analyse bioinformatique des données produites par les technologies de séquençage à haut-débit.
Le/la candidate est un utilisateur expert des méthodes permettant caractériser l'histoire démographique des populations et de détecter les signatures moléculaires de sélection à partir de données génomiques populationnelles.
Le/la candidate a une productivité scientifique qui atteste de ses capacités d'analyse.
Le/la candidate a une parfaite maîtrise de l'anglais écrit et parlé, et présente les qualités qui lui permettent de travailler en équipe dans un contexte hautement international.
Une expérience de première main dans la caractérisation des données de séquençage de génomes anciens et/ou de génomes d'équidés sera considérée très favorablement.

• Contexte

Le Projet PEGASUS a donné lieu à plusieurs publications scientifiques de premier plan, notamment dans Science (2017, 2018), Cell (2019) et Nature (2021). Il est hébergé au sein de l'équipe AGES du Centre d'Anthropobiologie et de Génomique de Toulouse (CAGT). Ce laboratoire est une unité mixte du CNRS, et de l'Université Toulouse III – Paul Sabatier, implantée sur le site toulousain de la faculté de médecine de Purpan. L'unité compte 75+ personnes, dont environ 30 permanents. L'unité mène des recherches dans les domaines de la génomique évolutive, la paléogénétique, l'anthropologie et l'archéologie.
1. Evaluer comment des variations de pratiques d'élevage ont façonné le génome du cheval, jusqu'à l'émergence des races modernes intensément sélectionnées.
2. Evaluer comment le développement de grandes technologies équestres, telles que les chariots et la cavalerie, ont façonné le cheval, et son génome, sa physiologie et son comportement;
3. Evaluer l'impact des épisodes de domestication précoces sur le génome et sa régulation;
Il poursuit trois principaux objectifs:

Le projet PEGASUS est consacré à retracer l'histoire de la domestication du cheval tout au long des cinq derniers millénaires.
Le travail s'effectue au sein du projet de Recherche PEGASUS dirigé par Ludovic Orlando (ERC CoG agreement n° : 681605 ; http://orlandoludovic.wixsite.com/pegasus-erc) et sera mené en prise directe avec une équipe internationale constituée d'une vingtaine de chercheurs.