Mots-Clés

stage transcriptome génome M2 eucaryotes lncRNA microalgue analyse ARN ADN pipeline logiciel automatique automatisé

Description

Description du projet :

    Tisochrysis lutea est une espèce de Isochrysis du genre des Haptophytes. Elle est connue pour sa très grande utilisation en tant qu'algue de fourrage dans la culture des bivalves et larves de crevettes. Son premier génome a été publié en 2018. Quant à Phaeodactylum tricornutum, il s'agit d'une espèce de diatomée de la famille des Haeodactylaceae, dont le génome est connu depuis 2008. Ses applications sont diverses et vont de son utilisation comme précurseur de biocarburant à l'exploitation de sa capacité de biosynthèse et de son taux de croissance élevés comme hôte d'expression de protéines recombinantes.

    L'objectif du laboratoire est de rechercher les longs ARN non codants (lncRNA) chez ces deux microalgues. Le/La stagiaire accompagnera une doctorante en bioinformatique dont le sujet comprend l'étude des lncRNA et leur relation avec les éléments transposables sur deux espèces de microalgues dont fait parti Tisochrysis lutea. Le travail du/de la stagiaire sera donc de créer un pipeline d'analyse automatisé capable d'annoter les lncRNA à partir d'un génome et de données RNA-seq d'une même microalgue. Pour cela il/elle aura à sa disposition un grand jeu de données ainsi que des contacts ayant déjà travaillé sur le sujet.

Missions :

- Reconstruction d'un transcriptome à partir de données RNA-seq

- Annotation des lncRNA depuis les transcriptomes et génomes fournis

- Comparaison avec des annotations déjà existantes

Profil du candidat :

- Expertise en environnement UNIX

- Connaissances solides en bash, python et/ou R

- Expériences dans l'étude de données génomiques et transcriptomiques

- Bonne capacité d'organisation, de travail en autonomie et de communication avec des scientifiques non bioinformaticiens

- Expériences dans l'étude d'organismes non modèles appréciées

- Connaissances basiques sur les éléments transposables peuvent être un plus