Mots-Clés

FAIR connaissance métadonnées réutilisation santé humaine métabolomique

Description

INTITULE DU STAGE : Réutilisation de données métabolomiques externes issues d'études de cohortes
humaines.

Contexte et problématique : Le groupe de recherche MAPPING (Metabolic Phenotype, Nutrition and Modelling) de la
Plateforme d’Exploration du Métabolisme (PFEM) de l’INRAE de Clermont-Fd/Theix s’inscrit dans une démarche
d’épidémiologie des systèmes qui consiste à identifier les contributeurs de pathologies complexes, à de multiples
niveaux, ainsi que leurs interactions et ce en utilisant une approche système. Plus particulièrement, un des thèmes
d’étude est le syndrome métabolique (SMet), associant obésité viscérale, dyslipidémie, hyperglycémie et hypertension,
qui est aujourd’hui un enjeu important de santé publique du fait de sa prévalence croissante. Grâce à des approches en
population, l’identification de nouveaux (bio)marqueurs/signatures pourrait permettre à terme un meilleur diagnostic
des populations à risque. Dans ce cadre, la métabolomique constitue une approche de phénotypage très puissante et
aujourd’hui mature, appliquée à la fois pour mieux comprendre/caractériser les processus biologiques complexes, mais
également en identifier des biomarqueurs associés. Cependant cette méthodologie génère des données massives et
complexes, nécessitant le développement de stratégies de traitements spécifiques afin d’en extraire des connaissances
biologiques pertinentes. Ainsi, dans la plupart des études métabolomiques, les données générées sont analysées au sein
de la structure experte les ayant produites et les résultats se limitent à ceux générés par le projet de recherche à l’origine
de l’étude.

Aujourd’hui, un des défis à relever pour exploiter au mieux la richesse des données, complexes, générées par les études
métabolomiques, est de faciliter la réutilisation de ces données pour en extraire des connaissances supplémentaires
nouvelles. Le nombre de systèmes de dépôts de données ouverts dans lesquels sont déposés les jeux de données
concernant le phénotypage métabolique de cohortes humaines est encore limité mais en croissance. Le partage des
métadonnées caractérisant les phénotypes, et leur standardisation est notamment un élément clé nécessaire à la
réutilisation des données de cohortes.

Objectifs généraux du stage / Résultats attendus : L’objectif de ce stage est d’initier une stratégie de réutilisation des
données métabolomiques issues de cohortes humaines, à partir d’une étude disponible preuve de concept concernant
le syndrome métabolique. Il s’agira notamment d’évaluer la description des métadonnées descriptives des sujets, et
d’identifier les points clés permettant ou limitant l’exploitation nouvelle des données. Le résultat attendu est un bilan du
potentiel de réutilisation de données métabolomiques dans le contexte de santé humaine, permettant la
recommandation de bonnes pratiques pour le domaine, dans le but de promouvoir un partage de jeux de données qui
permettrait à ceux-ci d’être exploités à plein potentiel.

Ce travail est prévu en relation avec le consortium METABOHUB 2.0 financé par le programme Investissement d’avenir,
dans le cadre des problématiques de partage FAIR des données.

Mots-clés : FAIR ; connaissance ; métadonnées ; réutilisation ; santé humaine ; métabolomique

Environnement et contexte de travail : Le stage sera réalisé sur le site Theix du centre Clermont-Auvergne-Rhône-Alpes
d’INRAE. Le groupe de recherche MAPPING se positionne au sein de la PFEM, structure multidisciplinaire autour de la
métabolomique. En particulier, la personne recrutée interagira avec les statisticiens et bioinformaticiens de la plateforme.

Compétences souhaitées :
Connaissances : Bioanalyse et Epidemiologie des maladies métaboliques
Compétences opérationnelles : Etre capable de travailler à l’interface de groupes de recherche de disciplines scientifiques
complémentaires (bioinformatique, data sciences, épidémiologie)
Langues : Français/Anglais
Rigueur, autonomie, organisation

Le travail de stage fera l’objet d’une gratification journalière réglementaire d’un montant de 3,90 €/h et par jour de présence effective, soit environ 560 euros par mois