Mots-Clés

Assemblage de génome PacBio haplotypes

Description

Développement de chaines d'analyses de données de séquençage « long reads » de génomes de plantes tropicales.

L’équipe « Génome et Sélection des Pérennes » de l’UMR AGAP institut étudie des plantes agro-industrielles tropicales notamment l’hévéa et le palmier à huile dont les génomes sont complexes de par leur taille, leur contenu en éléments répétés et fortement hétérozygotes. L’équipe a développé des ressources génomiques importantes et se tourne aujourd'hui vers la technologie « long reads » Pac-Bio pour les séquençages de ses génomes de référence. Le stagiaire aura pour objectif de mettre au point des procédures d’analyse adaptées à ces données pour l’assemblage des séquences. Les chaines de traitements seront développées pour exploiter au mieux la capacité de calcul du Mesocentre de l’Université de Montpellier.

Les attendus de ce stage sont, outre les chaines de traitement (i) une séquence assemblée du génome considéré et (ii) l’identification des haplotypes parentaux et enfin (iii) des zones de recombinaison.

Nous cherchons une ou un étudiant(e) motivé(e), autonome sous l’environnement linux et capable de développer des scripts. Une formation complémentaire sur le fonctionnement des clusters et des logiciels d’assemblage sera donnée au besoin. De bonnes aptitudes de communication (i.e. échanges scientifiques et techniques ainsi que le souci de la gestion des informations lies aux analyses et données) sont requises. Le stage se déroulera en présentiel à Montpellier avec la possibilité d’une période en partie distancié en cas de changements liés aux contraintes sanitaires.