Mots-Clés

Bio-informatique, Pipeline, Cancer, Pancréas, Transcriptomique, RNA-Seq

Description

Sujet :

• Contexte : 

Le pancréas est un organe vital pour l'Homme composé de cellules exocrines et de cellules endocrines, qui sont essentielles à la digestion, ainsi qu'à la régulation de la glycémie par la production d’insuline et d’autres hormones importantes, pour le corps humain. La recherche en oncologie pancréatique se concentre sur différentes thématiques liées à cette maladie.  

Aujourd’hui, l'hétérogénéité phénotypique des maladies pancréatiques est décrite comme majeure entre différents patients. Dans ce contexte, le laboratoire de bio-informatique GeNeHetX cherche à déchiffrer l’hétérogénéité des cancers du pancréas, afin de créer des outils de phénotypage cliniquement applicables. La thématique de recherche de l’équipe s’articule principalement autour de l’analyse de l'hétérogénéité du tissu tumoral de ces tumeurs par l'intégration des profils moléculaires avec l’analyse de l’histologie par des outils. C'est ainsi que l'équipe interagit et s'entoure d'experts dans différentes disciplines telles que la bio-informatique, la biologie computationnelle, la pathologie et des experts en oncologie clinique.

• Objectifs du stage :

- Mettre en place un pipeline de traitement et d’analyse de données transcriptomiques spatialisées en lien avec l’analyse de l’histologie.

• Méthodologie / Technique :

Pour ce faire, le laboratoire GeNeHetX possède un ensemble d'échantillons cliniques séquencés en RNA-Seq, en utilisant une technologie de séquençage, nommée la transcriptomique spatialisée. 

Le pipeline sera développé pour le laboratoire, afin de réaliser des premières analyses sur un jeu de données, en utilisant les outils bio-informatiques mis à disposition du stagiaire (R, GitHub, Python, nextflow, etc..).

• Impact dans le domaine de recherche :

L'utilisation d'une technologie récente, telle que la transcriptomique spatialisée, est une nouvelle approche pour étudier le cancer du pancréas. En effet, cette technologie permettrait de répondre à des questions concernant l'évolution et le fonctionnement de ce cancer, chez un même patient et de les comparer avec d'autres. 

La combinaison de cette technologie innovante et l'utilisation d'outils bio-informatiques encore non développés, pour le traitement de ces données est un atout pour mieux comprendre ce cancer. Ces méthodes permettraient d'enrichir la communauté scientifique sur les nouvelles technologies dans un premier temps. 

Par la suite, l'analyse des résultats donnés permettrait de développer ou de corriger les traitements donnés en fonction des patients et des profils de cancers du pancréas regardés.

Compétences :

Nous recherchons un(e) étudiant(e) de M2 en bio-informatique ayant des compétences pour le développement d’outils bio-informatiques telles ques :

• Connaissance de l’environnement UNIX et des outils bio-informatiques (Shell).
• Utilisation de GitHub
• Maîtrise de l’outil R et/ou du langage Python.
• Intérêt pour l’analyse de données en transcriptomique spatiale.
• Connaissances en transcriptomique et en oncologie.

L’équipe :

L’étudiant(e) sera accueilli(e) dans l’équipe de bio-informatique GeNeHetX ratachée à l’INSERM (https://www.genehetx.fr/), au sein de l’UMR-1149, à l'hôpital Beaujon situé à Clichy (100 Bd du Général Leclerc, 92110 Clichy, bâtiment Abrami), sous la direction d’une post-doctorante (Julie Lê-Hoang) et du chef d’équipe (Rémy Nicolle).

Bibliographie :

Nicolle, R., Gayet, O., Bigonnet, M., Roques, J., Chanez, B., Puleo, F., ... & Dusetti, N. J. (2022). Relevance of biopsy-derived pancreatic organoids in the development of efficient transcriptomic signatures to predict adjuvant chemosensitivity in pancreatic cancer. Translational Oncology, 16, 101315.

Nicolle, R., Gayet, O., Duconseil, P., Vanbrugghe, C., Roques, J., Bigonnet, M., ... & Dusetti, N. J. (2021). A transcriptomic signature to predict adjuvant gemcitabine sensitivity in pancreatic adenocarcinoma. Annals of Oncology, 32(2), 250-260.

Douglas Hanahan; Hallmarks of Cancer: New Dimensions. Cancer Discov 1 January 2022; 12 (1): 31–46. https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-21-1059

Moncada R, Barkley D, Wagner F, Chiodin M, Devlin JC, Baron M, Hajdu CH, Simeone DM, Yanai I. Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic ductal adenocarcinomas. Nat Biotechnol. 2020 Mar;38(3):333-342. doi: 10.1038/s41587-019-0392-8. Epub 2020 Jan 13. Erratum in: Nat Biotechnol. 2020 Dec;38(12):1476. PMID: 31932730.

Candidature : Envoyer une lettre de motivation et un CV à julie.le-hoang@inserm.fr

Date limite : 31 Octobre 2022