Ingénieure d’Études en Ingénierie Logicielle

Le 19/06/2023

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Entretien

Quels sont vos domaines de recherche ou d'expertise?

Pendant 9 ans, j’ai travaillé en tant qu’ingénieure en développement et déploiement d’applications sur la plateforme bioinformatique Migale de l’unité MaIAGE. Depuis 3 ans, j’ai rejoint l’équipe de recherche StatInfOmics au sein de la même unité. Je suis amenée à traiter des données assez hétérogènes allant des données « omiques » (génomique, transcriptomique, …) mais également des données issues de traitement automatique de la langue (text-mining) par exemple.

Concrètement, en quoi cela consiste ?

Mon travail consiste à développer des outils (bio)informatiques afin d’analyser ces données, les mettre à disposition de la communauté, les visualiser, …

Concrètement, je participe à la mise en place de workflow d’analyses. Le dernier en date est un workflow de détection de pseudogènes chez les bactéries. C’est une collaboration entre mon équipe mais également l’Institut Pasteur. Je mets également à disposition des bases de données, comme par exemple, Omnicrobe qui est une base de données dédiée aux habitats et phénotypes de micro-organismes. Sa particularité est qu’elle regroupe des données issues de différentes sources (PubMed, GenBank, DSMZ, CIRM). Je développe des interfaces web, comme Genoscapist qui permet de visualiser des données hétérogènes le long d’un génome. On peut en effet, parcourir des données d’annotation mais également des données d’expression.

En dehors de cette activité de développement qui occupe la majorité de mon temps, je suis également impliquée dans des actions de formation. En effet, depuis plus de 10 ans, je suis formatrice dans le cadre du cycle Bioinformatique par la pratique de la plateforme Migale.

Collaborez-vous avec des biologistes ? Quel type de collaboration est-ce ?

Une grande partie des outils que je développe sont à destination de microbiologistes. Je collabore donc étroitement avec eux afin de bien comprendre leurs questions de recherche et leurs besoins. La majorité des projets sur lesquels je travaille sont des collaborations entre bioinformaticiens, mathématiciens, informaticiens et microbiologistes. Chacun apporte ses compétences pour répondre à une problématique ciblée et partagée.

Quel avenir imaginez-vous pour la bioinformatique ?

La bioinformatique est un domaine qui a émergé il y a maintenant quelques années. C’est un domaine vaste, qui englobe plusieurs champs d’applications, que ce soit l’analyse de séquences, la bioinformatique structurale, l’analyse de réseaux, … C’est un domaine en constante évolution, avec l’émergence de nouveaux outils, de nouvelles méthodologies, … L’apport de la bioinformatique dans le domaine de la recherche n’est plus à démontrer. Outre les aspects de FAIRification des données et des analyses qui sont au cœur de la bioinformatique depuis quelques temps, il y a probablement des réflexions à avoir également côté RSE (Responsabilité Sociétale des Entreprises) dans notre domaine. Comment contribuer aux enjeux du développement durable dans le domaine de la bioinformatique ?

Votre message à destination des étudiants/jeunes bioinformaticiens ?

Ne vous fermez aucune porte, soyez curieuses et curieux ! Tout au long de votre parcours professionnel, que ce soit en stage ou même plus tard, explorez votre environnement. Visitez des laboratoires divers et variés : équipe de recherche, plateforme de service. Échangez avec des collègues de tout horizon : analyste, développeur, (bio)statisticien, mathématicien, biologiste, … Travaillez si possible sur des organismes différents : les plantes, les bactéries, l’Homme, … Et pour finir, n’oubliez pas, qu’en bioinformatique, on a la chance d’avoir une communauté très riche et plutôt bien structurée alors n’hésitez pas à la mobiliser si besoin et à partager.