Illustrations des métiers
La bioinformatique est comme son nom l'indique à l'interface entre la biologie et l'informatique. C'est un domaine scientifique aux multiples facettes pour répondre à la demande du traîtement des données complexes que sont les données en biologie, mais égalemement est déploiement de méthodes ou d'outils. Par ailleurs la recherche en tant que telle en bioinformatique se développe.
Dans les pages qui suivent et qui suivront, vous trouverez plusieurs interviews d'un.e bioinformaticien.ne et d'une ou deux personnes avec qui il/elle collabore (biologiste, informaticien, statisticien, ...) pour illustrer les différents métiers de la bioinformatique, leur contexte et domaine d'application.
Nous espérons que ces témoignages, inspireront les jeunes et les moins jeunes, et peut être même des envies de participer pour témoigner à votre tour.
Bioinformatique et Mathématiques: outils complémentaires pour explorer la biologie des systèmes
Le 11/06/2024
Anne Goelzer, ingénieure de recherche au sein de l'unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement (INRAE MaIAGE) et Nadia Bessoltane, ingénieure d'étude à l'Institut Jean-Pierre Bourgin (INRAE IJPB) partagent avec nous l'histoire de leur collaboration autour d'un projet consistant à mieux comprendre la stratégie d'allocation de ressources de la plante Arabidopsis thaliana en combinant modélisation mathématique multi-échelle et expériences biologiques. Vous découvrirez la rencontre entre le domaine de la biologie des systèmes et celui de la bioinformatique, et comment l'un apporte à l'autre.
Chargée de Recherche en Bioinformatique
Le 06/12/2023
Delphine Potier (membre du bureau de la SFBI) est une chercheuse en bioinformatique dans l’équipe Facteurs épigénétiques dans l’hématopoïèse normale et pathologique au Centre de Recherche en cancérologie de Marseille. Sa recherche se concentre sur la compréhension des mécanismes de régulation de l'expression des gènes. Elle travaille dans une équipe de biologie et collabore également étroitement avec des mathéticiens pour la mise en oeuvre de projets interdisciplinaires.
Du développement d’outils à la conquête des marchés, une collaboration durable
Le 20/09/2023
Eric Rivals, directeur de recherche en bioinformatique au LIRMM et Alexandre David, directeur de recherche à l’institut de recherche de génomique à Montpellier partagent avec nous l’histoire de leur collaboration durant ces dix dernières années autour de l’étude des modifications post-transcriptionnelles des ARNs, des travaux exploratoires méthodologiques à la maturation technologique pour le diagnostic clinique. Vous pouvez écouter Eric et Alexandre lors d’une interview dans l’émission “A l’UM la science” à propos de la méthode de diagnostic du gliome (podcast) organisée par l’Université de Montpellier, ainsi qu’une interview croisée d’Eric et Frédéric Catez, chercheur en biologie.
Cross-talk entre l’ingénierie bioinformatique et biologique à l’hôpital
Le 20/06/2023
Laetitia Bourgeade, ingénieure de recherche hospitalier en bioinformatique, et Claudio Plaisant, ingénieur hospitalier en biologie, tous deux au CHU de Bordeaux dans le service biologie génétique nous parle de leur collaboration pour l’analyse de données de séquences dans un contexte de diagnostic de maladie génétique. Il nous rappelle l’importance de travailler dans une démarche FAIR et nous montre qu’en bioinformatique aussi, une démarche de qualité peut être mise en place.
Ingénieure d’Études en Ingénierie Logicielle
Le 19/06/2023
Sandra Derozier (membre du bureau de la SFBI, élue en 2022) est une ingénieur d'étude en ingénierie logicielle qui travaille à INRAE Jouy en Josas depuis 2010 dans l'unité MaIAGE. Ses activités sont variées, entre développement de chaînes de traitement, mise à disposition et maintient de base de données ou encore implémentation d'outils de visualisation pour permettre aux chercheurs d'explorer leurs données.
L’expert (en bioinformatique) au coeur du système (informatique)
Le 07/06/2022
Patricia Thébaut, maître de conférence en bioinformatique, et Romain Bourqui, maître de conférence en informatique, tous deux à l’université de Bordeaux et dans le laboratoire LaBRI, nous expliquent le concept (et les difficultés) de formalisation du vivant, ce qui les as amené à développer un outil de visualisation dédié aux interactions entre petits ARNs.
Mutualisme entre une bioinformaticienne de plateforme et un (chercheur) biologiste
Le 02/06/2022
Stéphanie Le Gras, ingénieure bioinformaticienne sur la plateforme GenomEast, et Christophe Papin, biologiste chargé de recherche à l’IGBMC, partagent avec nous leur collaboration de long terme basée sur un apprentissage réciproque des problématiques, faisant avancer les expertises de chacun et aboutissant ainsi à des résultats scientifiques de plus en plus aboutis.
Chargé de Recherche en Informatique
Le 25/11/2022
Matthias Zytnicki (également membre du bureau de la SFBI) est un chercheur en informatique à l'INRAe de Toulouse qui partage son temps entre l'équipe Statistiques et Algorithmique pour la Biologie (SaAB) et la plateforme GenoToul-Bioinfo. Au travers de ses collaborations avec les biologistes, il tente d'identifier des questions pour lesquelles il n'y a pas de solutions informatiques et développe des outils qui s'adresseraient au plus grand nombre.
Enseignante-Chercheuse
Le 24/11/2022
Anna-Sophie Fiston-Lavier (présidente de la SFBI par ailleurs) est maîtresse de conférence au sein de l'Université de Montpellier et effectue ses recherches à l’Institut des Sciences de l’Evolution de Montpellier (ISEM). Son temps se partage entre l'enseignement avec un attrait pour l'innovation pédagogique, et le développement de méthodes pour étudier l'impact de la dynamique d'insertion et délétion des éléments transposables dans les génomes.
Ingénieur de Recherche en Calcul Scientifique
Le 24/11/2022
Erwan Corre (également membre du bureau de la SFBI) est responsable de la plateforme Analysis and Bioinformatics for Marine Science (ABiMS) de Roscoff. Il est impliqué dans le pilotage et le développement de l'infrastructure informatique de la plateforme pour anticiper et répondre aux besoins locaux mais aussi nationaux. Il est également bio-analyste et accompagne des biologistes dans leurs projets d'étude des organismes et environnements marins pour lesquels ils produisent des données (méta)-génomique/transcriptomique.