Interview de Patricia Thébaut et Romain Bourqui

L'expert (en bioinformatique) au coeur du système (informatique)

Cartes d’identité : 

Entretien :

Quelle est la question scientifique vous ayant mené à collaborer ?

Comment formaliser et représenter les intéractions ARN/ARN afin de mettre en évidence des profils d’intéractions pertinents ?

Quels sont vos domaines de recherche / d’expertise ?

Romain travaille sur la visualisation de l’information principalement par la représentation des données sous forme de graphes. C’est une discipline relativement jeune ayant émergée il y a une trentaine d’années même si les premiers travaux sont assez anciens. Sa recherche consiste à améliorer des représentations qui existent déjà ou à en créer de nouvelles. Romain est “agnostique aux données” et manipule des types d’objets très divers mais toujours abstraits ( réseaux sociaux, économiques, métaboliques, web analytics etc). 

Patricia est experte dans la modélisation de réseaux de régulation sous forme de graphes pour l’étude de la biologie des systèmes qu’elle a appliquée à l’étude des intéractions entre les petits ARN et les ARN messagers ou aux réseaux métaboliques ainsi que sur l’exploitation des données issues de séquençage haut-débit. Même si ses projets partent de cas d’études biologiques, ses recherches sont fondamentalement bioinformatiques et se portent sur la manière de visualiser les données pour mettre en évidence un signal biologiquement pertinent ou identifier des molécules d’intérêt.

Quel type de travaux effectuez-vous dans le cadre de votre collaboration ?

La construction d’un réseau d’interactions entre ARN implique, comme souvent en biologie, un nombre important d’éléments, de types d’interactions et de contextes d’activation. Patricia joue le rôle de l’experte en biologie et bioinformatique, en formalisant les concepts biologiques ( expression, activation, interaction). Romain, à partir de ces concepts, se charge de définir et développer une visualisation de l’ensemble du réseau.

Est-ce une collaboration ponctuelle ou de long terme ?

Patricia et Romain travaillent dans la même équipe BKB, et ont donc régulièrement des occasions de travailler ensemble. L’histoire de ce projet remonte à 2013, lorsqu’un doctorant de Patricia a cherché à utiliser un outil développé par Romain sur un jeu de quelques centaines d’interactions. L’augmentation de la complexité du réseau a révélé le besoin d’outils dédiés. Leur collaboration commence par un long processus d’apprentissage du langage d’expertise de chacun, puis la formalisation de l’ensemble des notions de biologie. Cette première étape a donné lieu à la publication d’un premier article et au développement d’une première version de rNAV. Patricia poursuit ensuite ses recherches sur la prédiction des interactions, et sur les critères permettant de sélectionner celles qui sont les plus importantes. Ensemble, ils développent une nouvelle version incluant ces nouveaux outils et sur de nouvelles visualisations permettant de mettre en évidence ces prédictions, donnant lieu à un second article.

Quelles expertises/compétences recherchez-vous auprès d’une collaboration avec un.e bioinformaticien.ne ?

Leur domaine d’expertise suivent des processus inverses: quand en informatique on part d’un modèle général qui sera affiné si des exceptions apparaissent, en biologie et bioinformatique, on part d’observations individuelles pour créer un modèle général.

Romain trouve dans les données biologiques une complexité particulière avec un nombre important de conventions admises mais non formalisées. Il attend donc de la collaboration avec un.e bioinformaticien.ne de lui fournir ces conventions et/ou de les formaliser.

Leur message

La bioinformatique a su combler le fossé de langage entre la biologie et l’informatique. Bien que les biologistes deviennent de plus en plus autonomes dans l’analyse de leur données (notamment omique), la bioinformatique reste essentielle pour l’analyse fine des données. A noter qu’il y a peu d’informaticiens qui s’orientent vers le monde de la biologie, les bioinformaticien.nes au profil plus marqué en informatique ont également de belles opportunités devant eux.