Maîtresse de conférence multi-facettes

Le 18/12/2024

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Entretien

Quels sont vos domaines de recherche ou d’expertise ?

En tant que maîtresse de conférence, il y a deux volets à mon métier. Côté enseignement, j’ai une expertise pédagogique, à la fois en formation initiale pour les étudiant·es de mon établissement, mais aussi en formation continue. Je reste très motivée par le challenge d’enseigner la bioinformatique à un public issu de la biologie. Côté recherche, c’est en génomique !  Initialement en épigénomique, puis en transcriptomique. En rejoignant la plateforme GenomiqueENS, je me suis rapprochée des séquenceurs, et je reste encore aujourd’hui fascinée par ces machines et leur technologie.

En tant que responsable scientifique de cette plateforme, et comme une des directrices adjointes de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), mon expertise se situe autour du management, du pilotage stratégique, d’animation de réseau, et de représentation. Des activités dont je ne connaissais pas vraiment l’existence il y a encore quelques années !

Quel rôles exercez-vous ? Concrètement, en quoi cela consiste ?

Auprès des étudiant·es de l’ENS et des thésard·es que j’encadre, mon rôle est de les accompagner dans leurs apprentissages de la bioinformatique, en les suivant sur plusieurs années vers leur projet professionnel.

Au sein de la plateforme, mon rôle est d’assurer que l’équipe a tout ce qu’il faut pour mener leurs propres missions. J’apporte mon expertise scientifique pour nos projets de recherche et développement, basés sur les domaines d’expertises de nos ingénieur·es, en particulier la transcriptomique en lecture longue Nanopore.

Au sein de l’IFB, mon rôle est entre autres d’animer le réseau des plateformes, distribué sur toute la France.  Concrètement, j’organise des réunions, et beaucoup de visioconférences !

Collaborez-vous avec des biologistes ? Quel type de collaboration est-ce ?

La plateforme permet aux chercheurs de réaliser leurs projets de transcriptomique, de l’échantillon jusqu’à l’analyse bioinformatique et la publication des résultats. Notre équipe comporte donc des ingénieur·es biologistes en charge de la partie expérimentale, et des ingénieur·es  en bioinformatique. Collaborer avec des biologistes est donc au cœur même de notre organisation, et de nos activités avec les chercheurs.

Quel avenir imaginez-vous pour la bioinformatique ?

La bioinformatique n’échappe pas à la révolution qu’apporte l’intelligence artificielle. Dans les années à venir, le développement de nouvelles méthodes va être foisonnant ! Pour autant, l’accessibilité des outils bioinformatiques de pointe ne peut pas se restreindre aux seuls bioinformaticien·nes. Un des enjeux est d’assurer des interfaces adaptées aux biologistes, sur des infrastructures de calcul haute-performance. L’IFB joue un rôle clef en France sur ces aspects, et aussi pour former les biologistes à la bioinformatique, leur permettant ainsi de mieux communiquer avec les bioinformaticien·nes et de répondre à leurs questions biologiques. Enfin, un des enjeux de la bioinformatique est d’assurer la reproductibilité des analyses, la mise à disposition de données (vraiment) réutilisables, dans un contexte de science ouverte.

Votre message à destination des étudiants/jeunes bioinformaticien·nes ?

La communauté française en bioinformatique est vraiment dynamique et sympa. Ne restez pas seul·e dans votre coin ! Etape 1 : adhérez gratuitement à l’association Jebif, ils sont là pour vous donner plein de conseils et vous faire rencontrer d’autres jeunes bioinformacien·nes. Etape 2 : lisez le blog bioinfo-fr.net et découvrez leur canal discord. Etape 3 : élargissez encore un peu vos horizons en lisant la newsletter Les Bioinformations. Etape 4 : vous êtes en stage/thèse/contrat => rendez-vous à JOBIM, l'événement annuel de la bioinformatique piloté par la SFBI, pour y présenter vos travaux pour la première fois, et rencontrer la communauté. Etape 5 : envie de travailler avec d’autres bioinformaticien·nes ? Identifier les réseaux près de chez vous et les groupes de travail thématiques via le réseau métier MERIT.