Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

fluxomique métabolomique apprentissage machine modèles métaboliques

Description

L'analyse des flux métaboliques est maintenant un élément fondamental pour comprendre les métabolismes spécialisés mais aussi pour proposer des approches d'ingénierie efficaces. Les données métabolomiques non ciblées fournissent directement une image stationnaire de l'ensemble du métabolisme mais peuvent maintenant conduire à des modèles dynamiques en particulier des flux.

De nouvelles approches algorithmiques inspirées de l'intelligence artificielle (apprentissage machine ou profond) couplées avec l'association de modèles métaboliques sous contraintes permettent de créer des modèles métaboliques à l'échelle du génome pour prédire plus efficacement les flux de métabolites.

L'ingénieur de Recherche aura pour premier objectif d'inventorier et de tester les méthodes couplant Flux Balance Analysis (FBA) et computational based modeling (CBM) déjà disponibles et pour la plupart développées pour les microorganismes et adaptables chez les plantes. L'IR devra ensuite utiliser un nombre restreint de jeux de données métaboliques spécialisés chez les plantes (par exemple sous contrainte biotique ou autre) pour évaluer les différentes méthodes et outils disponibles. Il/elle bénéficiera des supports des plateformes de chimie et des équipes en bioinformatique et modélisation statistique du réseau Sciences des Plantes pour Saclay. Des collaborations avec des équipes hors du réseau SPS seront aussi développées dans ce cadre.