Mots-Clés

SARS-CoV-2 COVID-19 DevOps Full Stack developer database development workflows Galaxy NGS genomics

Description

Dans le cadre du projet national de surveillance génomique COVID-19 (EMERGEN), l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) est chargé de déployer une plateforme numérique qui permettra de collecter les séquences génomiques du virus SARS-CoV-2 produites par une quarantaine de plateformes de séquençage, d’analyser ces séquences pour y détecter les variants connus et de découvrir de nouveaux variants, et d’apparier les résultats de cette analyse de variants avec les données des patients au sein d’un espace numérique certifié pour l’hébergement des données de santé (HDS). La plateforme numérique EMERGEN sous-tendra les activités de surveillance épidémiologique aussi bien que de recherche.  Pendant les deux premières années, le projet sera consacré au traitement des données COVID-19, mais le projet visera à développer à plus long terme une infrastructure générique pour le traitement des maladies infectieuses émergentes.  Le développement de cette plateforme sera assuré par une équipe incluant des compétences en DevOps, développement de bases de données et de logiciels, gestion des données et analyse des données.  

Pour assurer le déploiement de cette plateforme numérique l’IFB ouvre trois postes CDD de 24 mois. 

1. Un•e ingénieur•e DevOps, qui prendra en charge l'automatisation des processus de mise en production, d'encapsulation (conteneurs), d'installation d'outils, de déploiement automatique d'environnements. Il•Elle devra aussi disposer de compétences en administration système sous Linux. Informations détaillées et candidatures: https://bit.ly/3tOt4fX

2. Un•e développeur•euse full stack chargé•e de développer EMERGEN-DB, la base de données qui accueillera l'ensemble des données produites par le consortium de laboratoires de séquençage, de l'équiper d'interfaces conviviales et programmatiques, et d'assurer son déploiement sur les serveurs EMERGEN.  Informations détaillées et candidatures: https://bit.ly/3wgoNDv

3. Un•e ingénieur•e en bioinformatique pour le développement de workflows, qui sera chargé•e de déployer sous Galaxy un système d'analyse automatisée des séquences produites par différentes technologies NGS (Illumina, MinIon et Nanopore), d’assurer le bon fonctionnement du serveur Galaxy dédié à ces analyses, de connecter les services Galaxy avec les autres composantes du projet EMERGEN (EMERGEN-DB, soumission aux dépôts internationaux de séquences), de réaliser des méta-analyses de l'ensemble des données produites par le projet national de surveillance génomique EMERGEN, de documenter les procédures d'analyse, et d’assurer un support aux usagers. Informations détaillées et candidatures: https://bit.ly/3olyvln

LOCALISATION DES POSTES. Attention, pour des raisons administratives les postes sont affichés sur Evry, mais les personnes seront recrutées sur l’un des sites d’implantation de l’IFB impliqués dans le projet EMERGEN. Ceci inclut notamment les plateformes suivantes : ARTbio (Paris), ABIMS (Roscoff), BIRD (Nantes), BigEst (Strasbourg), GenoToul (Toulouse), MIGALE (Jouy-en-Josas) MMG-GBIT (Marseille). Les personnes recrutées s’intégreront dans la task force mutualisée de l'IFB, dont elles bénéficieront de l’encadrement et de l'appui. Elles contribueront également au développement du réseau national de ressources de calcul et stockage de l'IFB (National Network of Computing Resources), et aux activités des groupes de travail pertinents pour leurs missions respectives. Le travail sera réalisé sur site et en télétravail. Occasionnellement, des déplacements nationaux et internationaux pourront être organisés pour des réunions de projet et la participation à des conférences.