Mots-Clés

Statistiques intégration métabolomique lipidomique RMN MS

Description

Vous serez accueilli sur le plateau MetaToul-Axiom, l'un des 4 sites de la plateforme de Métabolomique et Fluxomique de Toulouse MetaToul (www.metatoul.fr), qui se consacre au développement de concepts et d'outils pour l'étude du devenir et des effets de contaminants chimiques sur la santé de l'Homme et de l'animal, et met en oeuvre en particulier les approches métabolomiques dans des projets très variés. Après les étapes de préparation des échantillons biologiques, les analyses sont réalisées en RMN et/ou spectrométrie de masse, et les données générées sont ensuite traitées par les workflows de métabolomique avant d'être analysées par les méthodes statistiques appropriées. L'équipe est constituée d'une dizaine d'ingénieurs et techniciens aux expertises complémentaires (spectrométrie, bio-informatique et bio-statistiques). Elle reçoit régulièrement des utilisateurs et forme des étudiants dans un environnement certifié ISO9001 NFX50-900.

Vous serez recruté sur un projet Région Occitanie (Octopus) qui a pour objectif de mettre en place une approche multi-plateformes pour un profilage complet des métabolites (métabolites polaires, lipides) de la couche cornée par des approches de spectrométrie de masse et de RMN.

Vous vous inscrirez plus largement dans un groupe d'ingénieurs et de chercheurs dans le domaine des sciences des données (de l'informatique aux statistiques). Ainsi les travaux réalisés pourront à terme s'intégrer à l'interface Galaxy Workflow4Metabolomics (W4M) développée en collaboration entre l'Institut français de Bioinformatique (IFB) et l'infrastructure Nationale en métabolomique et fluxomique (MetaboHUB) dont MetaToul est partenaire.

Sous la direction du responsable du plateau et en lien avec les ingénieurs chargés de la génération du traitement des données, vous serez en charge de :

    Intégrer des données générées en RMN et MS (métabolites polaires et polaires) : bibliographie des méthodes existantes et développement des script (R, Python)

    Rédiger l'aide pour l'utilisation

    Rédiger les rapports de résultats

    Intégration dans l'interface Galaxy W4M

LE PROFIL QUE NOUS RECHERCHONS :

Formation recommandée : ingénieur ou M2 en statistiques, mathématiques appliquées ou bio-informatique

Connaissances souhaitées : impérativement des connaissances théoriques et pratiques en méthodes statistiques avancées (PLS et généralisations), et en programmation informatique (R ou Python). Des connaissances en chimie analytique et/ou métabolique seront en plus.

Aptitudes recherchées : vous travaillerez sur une plateforme technologique de service pour améliorer les workflows de gestion, d'exploitation et d'intégration de jeux de données en métabolomique / lipidique. Cela nécessite un sens du service, de l'organisation, de la rigueur ainsi que beaucoup de fiabilité et d'autonomie. cela implique également de l'adaptabilité, de la disponibilité, de la curiosité scientifique et un sens de la pédagogie pour mettre les outils développés à la disposition d'une large communauté.