Mots-Clés

bioinformatique bioanalyse

Description

Bilille est une plateforme de service en bioinformatique et biostatistique au sein de l’UMS 2014 - US 41 Plateformes Lilloises en Biologie et Santé (https://ums-plbs.univ-lille.fr/), qui s’adresse à tous les laboratoires en biologie et santé de la métropole lilloise. La plateforme est présente sur 3 sites géographiques distincts de la métropole : campus Cité Scientifique, campus Hospitalo-Universitaire et campus Pasteur Lille. Bilille est membre de l’Institut Français de Bioinformatique et propose une offre de services diversifiée aux usagers:

• accompagnement des projets scientifiques (expertise, développement de workflows, analyse et traitement des données)
  
• mise à disposition d’une infrastructure informatique (cloud) et de logiciels (notamment sous Galaxy)
  
• développement de ressources bioinformatiques innovantes répondant aux besoins des communautés des sciences de la vie
  
• organisation de formations, de séminaires technologiques et de journées scientifiques

Plus d’informations sur bilille sont disponibles à https://wikis.univ-lille.fr/bilille/

Afin de mieux répondre aux besoins en analyse de données des unités de recherche de la métropole bilille recrute un.e ingénieur.e d’étude en bioinformatique/bioanalyse en CDD pour une durée initiale de 12 mois.

Activités

• réalisation de projets d’analyse de données ou de développement de pipelines d’analyse
  
• rédaction et communication des résultats sous forme de rapports et de présentations orales
  
• participation aux activités interne de la plateforme (groupes de travail, animation technique)

Activités complémentaires:

• veille scientifique et technologique
  
• participation à la rédaction de publications scientifiques
  
• participation aux formations organisées par la plateforme
  

Compétences

Compétences scientifiques et techniques requises :

• bonne connaissance théorique des approches de bioinformatique ou biostatistique pour l’analyse de données
  
• notions avancées de biologie (biologie moléculaire et cellulaire, génomique et génétique), des technologies de production des données et des bases de données de référence
  
• programmation en Python, Bash et R

Compétences complémentaires appréciées:

• bonnes pratiques de développement et d’analyse, reproductibilité (Conda, Docker, Singularity, …)
  
• utilisation courante d’environnements de calcul haute-performance (cloud ou cluster)
  
• expérience dans l’utilisation et le développement avec des gestionnaires de workflow (Galaxy, Nextflow, …)
  
• utilisation courante du logiciel de gestion de version git
  

Langues: Français courant, Anglais technique et scientifique (B1 à B2)

Compétences relationnelles :

• goût pour le travail en équipe dans un milieu multidisciplinaire
  
• autonomie et sens de l’initiative
  
• capacité à s’adapter face à un public de non spécialistes

L’essentiel pour réussir

Des compétences en bioanalyse, de la curiosité, et de la passion. Se sentir à l'aise dans un environnement scientifique dynamique et multidisciplinaire, aimer apprendre et écouter sont des qualités essentielles pour réussir cette mission.

Durée du contrat 

12 mois

Formation et expériences souhaitées

Diplôme requis : bac+5 (diplôme de type master 2 ou école d’ingénieur) en bioinformatique, bioanalyse, biostatistique...

Une expérience en milieu académique ou industriel dans l’analyse de données biologiques est appréciée mais non obligatoire (profil jeune diplômé accepté)

Conditions particulières d’exercice

Chaque ingénieur de bilille est amené à travailler sur les 3 sites de la plateforme via un système de rotation. L’ingénieur.e recruté.e intégrera ces rotations et travaillera donc successivement sur les 3 sites (facilement accessibles en transport en commun).

Télétravail envisageable de 1 à 2 jours par semaine suivant les règles de l’Université de Lille.

Date de prise de fonction

Idéalement au 15 Octobre 2021, ou au plus tôt avant le 1er Décembre 2021