Mots-Clés

Genome, promoteur, regulation expression, variants alléliques, workflow analyse bioinformatique

Description

Finalité du stage

Au sein de l’équipe Gene Discovery du département Trait & Technologie de la recherche Grandes Cultures de Limagrain, vous prospecterez les outils d’analyse des promoteurs afin de mettre en place un pipe-line automatique d’analyse permettant d’identifier les éléments clefs de la régulation d’expression de gènes chez les plantes

Activité dominante & Objectif

L’activité dominante du stage est d’identifier les outils et les bases de données nécessaires afin de mettre en place un workflow sous Galaxy permettant aux utilisateurs d’identifier les boites de régulation clefs dans des gènes présentant un caractère agronomique d’intérêt.

Méthodes

1/ Inventaire des outils & bases de données pour l'analyse des séquences de promoteurs

2/ Mise en place d'outils et test sur études de cas - Gènes de la littérature - Gènes internes avec des connaissances sur la relation entre l'expression et les traits - Ensemble de gènes sur des génomes séquencés - Gènes d'un cluster après analyse RNASeq (co-expression)

3/ Création d'un workflow sous Galaxy avec une sortie pour le logiciel Geneious

Encadrement

Vous travaillerez au sein de l’équipe Gene Discovery et en relation avec la plateforme de Bioinformatique.