Mots-Clés

intégration de données biologiques multidimensionnelles machine learning cytométrie imagerie

Description

PROFIL DE POSTE CDD 18 MOIS INGENIEUR(E) EN ANALYSE ET INTEGRATION
DE DONNEES BIOLOGIQUES MULTIPARAMETRIQUES

Contexte :

Cette ouverture de poste s’inscrit dans le cadre d’un projet de recherche interdisciplinaire et
multicentrique appelé « OCTOPUS » qui vise à mieux comprendre le processus de
vieillissement de la peau et les mécanismes du prurit chez l’Homme. OCTOPUS est financé
en partie par la région Occitanie et combine plusieurs analyses impliquant des technologies
de pointe et un partenariat unique entre des laboratoires académiques, les plateformes de
Genotoul et la société Pierre Fabre Dermo-Cosmétique.

Objectif :
Mise en place d’un pipeline d’analyse et d’intégration des données multidimensionnelles
d’imagerie et cytométrie en flux, de lipidomique et de métabolomique, provenant de différents
outils technologiques à haut débit et générées dans le cadre de projet de recherche OCTOPUS
dans les domaines de la neuro-immunologie, de l’inflammation et de la biologie de la peau en
lien avec le vieillissement. Ce pipeline sera applicable aussi bien aux études fondamentales
qu’à des études cliniques sur des cohortes de patients, mais aussi des modèles in vitro.

DESCRIPTIF DU POSTE (FICHE DE POSTE)

Emploi Type (referens)
Ingénieur.e en ingénierie logicielle

Missions
Développer des solutions intégrées permettant de traiter, d’analyser et d’intégrer les données
multiparamétriques provenant de différents outils technologiques à haut débit (images de
microscopie photonique, données de cytométrie…). Cela sera possible de par l’utilisation de
différents outils bio-informatiques existants et/ou le développement de nouvelles méthodes
d’analyses spécifiques. Ce pipeline sera découpé en modules indépendants faisant intervenir
des connaissances en analyse d’images, machine learning, « single cell », exploratory data
analysis (clustering, réduction de dimension, visualisation…) et intégration de données
(mixOmics…).

Activités Principales
- Mise en place d’un pipeline d’analyse et d’intégration de données multidimensionnelles
(microscopie, cytométrie, lipidomique)
- Développement d’un traitement automatisé de données de microscopie (segmentation
d’objets avec ImageJ/ Fiji, Imaris, Cellpose, Weka, Stardist…) et de cytométrie en flux
(contrôles qualité, nettoyage des données…).
- Analyse des données multidimensionnelles par des outils de visualisation en réduction
de dimension (t-SNE, UMAP…) et de comparaison de données provenant de
différentes technologies (mixOmics ou autres).
- Développement d’une interface graphique permettant l’interaction entre les résultats et
les porteurs de projets (R shiny ou Python ou autres).
- Evaluation des solutions applicatives sous R ou Python.
- Définir les modalités de stockage des données générées dédiée au projet OCTOPUS.

Activités Associées
- Analyses statistiques de base.
- Aide à l’interprétation des données par les porteurs de projets.
- Veille bibliographique sur les nouveaux outils d’analyse et d’intégration des données
d’imagerie et de cytométrie.

Connaissances souhaitées
- Maitrise des concepts associés à l’analyse des données single-cell (t-SNE, UMAP…)
- Maitrise des outils d’analyse d’image 3D en microscopie, y compris en machine et deep
learning (ImageJ/ Fiji, Imaris, Cellpose, Weka, Stardist…)
- Maîtrise des outils de versioning et développement collaboratif (Git, GitHub).
- Maîtrise des gestionnaires de workflow (Nextflow).
- Maitrise des langages courants de programmation (R, Python , C++).
- Maitrise orale et écrite de l’anglais scientifique.
- La maitrise d’outils de développement web (HTML, CSS) est un plus.

Aptitudes
- Capacité à travailler en équipe, à communiquer avec ses collègues, à vulgariser et à
transmettre ses connaissances.
- Méthode et rigueur dans l’analyse, la hiérarchisation et le stockage des données et des
analyses obtenues.
- Aptitude à perfectionner et à développer ses compétences selon l’évolution de l’état de
l’art en bio-informatique, en biologie et médecine.
- Appliquer les règles en vigueur de la déontologie, l’éthique, les bonnes pratiques
cliniques.
- Intérêt dans la recherche interdisciplinaire biologie/médecine.
- Aptitude à favoriser l’adoption des applications : formations, ateliers de présentation,
rédaction de documents.

Formation souhaitée
- Bac+5 ou + en bio-ingénierie, bio-physique ou bio-informatique (ou équivalent).
- 2 ou 3 années d’expérience minimum.