Mots-Clés

génomique microbienne annotation fonctionnelle pangénomique métagénomique pipeline programmation web

Description

Description du poste

Localisé au CEA/Genoscope, un centre de recherche scientifique dédié à la génomique environnementale, le Laboratoire d’Analyses Bioinformatiques pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM, UMR8030, https://labgem.genoscope.cns.fr) s’intéresse à l’analyse et l’exploration de la diversité des microorganismes et de leur métabolisme. Dans ce cadre, notre équipe a développé une expertise très pointue dans le domaine de l’annotation et l’analyse comparée de génomes microbiens notamment à travers la plateforme MicroScope (https://mage.genoscope.cns.fr/microscope). La plateforme est utilisée par une communauté internationale de plus de 5 000 utilisateurs et contient plus de 14 000 génomes.

Le domaine connaît plusieurs évolutions majeures: annotation de milliers de génomes, analyses métagénomiques et pangénomiques, données FAIR, etc. Ces évolutions posent des défis en matière de représentation des données, de calcul et de stockage. Dans ce contexte la plateforme MicroScope doit continuellement être améliorée : ajout de nouvelles fonctionnalités, amélioration des interfaces web, mise à niveau de logiciels, etc.

Dans cet objectif, nous recherchons un ou une ingénieur bioinformaticien qui s’intégrera dans l’équipe de développement de la plateforme constituée d’ingénieurs informaticiens et bioinformaticiens.

Missions & activités

Mission: participation aux développements et à l’évolution fonctionnelle de la plateforme MicroScope.

Activités:

• Développement de nouveaux pipelines et intégration dans la plateforme MicroScope: comparaison de solutions, évaluation de la pertinence biologique.
• Participation à des projets de recherche et de bioanalyse.
• Participation à l’encadrement de stagiaires et d’alternants.

Profil

Ingénieur bioinformatique (avec une composante développement) possédant des compétences dans les domaines suivants :

• Bioinformatique
• Programmation Web (PHP, JS, HTML, CSS), base SQL
• Bonnes connaissances en génomique. Des connaissances en microbiologie seraient appréciées.

Expérience souhaitée : première expérience si possible mais non indispensable.

Contrat

• Ingénieur CDD-OD CEA, 24 mois.
• Rémunération en fonction du diplôme et de l’expérience (grille CEA).
• Début dès que possible (idéalement avant mars 2022).