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Ingénieur d'études bioinformatique - projet de recherche en cancérologie (H/F)

 CDD · IE  · 18 mois    Bac+5 / Master   LIRMM · Montpellier cedex 5 (France)  2 130 € bruts

 Date de prise de poste : 1 avril 2022

Mots-Clés

NGS cancer programmation pipeline R python single-cell

Description

1 FR - Ingénieur d'études bioinformatique - projet de recherche en cancérologie (H/F)

Au sein de l'équipe de bioinformatique du LIRMM, nous recherchons une personne enthousiaste, créative, fortement motivée par un contexte scientifique, de niveau ingénieur ou master (bac+5) en informatique ou bioinformatique.

Dans le cadre d'un projet de recherche collaboratif et pluridisciplinaire, qui vise à élucider les modifications de comportement de cellules cancéreuses en réaction à la chimiothérapie, notre groupe est responsable des analyses informatiques et bioinformatiques de données biologiques (séquençage à haut débit, séquence de protéines, niveau d'expression). Le consortium du projet inclut des équipes de trois laboratoires académiques : le CRCL de Lyon, l'IGF et le LIRMM à Montpellier (mais aussi des partenaires étrangers) et est financé par la Fondation ARC pour la Recherche sur le Cancer (ARC).

Nous étudierons la réponse en terme d'expression des gènes au traitement par chimiothérapie afin de déterminer la diverstié des réactions biochimiques des cellules cancéreuses dans le temps. Ces expériences impliquent du séquençage à haut débit en cellule unique (scRNA-seq) : la personne recrutée conduira les analyses primaires et secondaires de ces données. Des analyses bioinformatiques (RNA-seq, traductome, et recherche de motifs) et statistiques complètent le projet afin d'identifier les acteurs moléculaires centraux dans les diverses réponses des cellules cancéreuses.

Missions

Pour ce poste d'ingénieur en informatique / bioinformatique, le rôle de la personne sera

  • d'effectuer la veille scientifique
  • de développer et d'implanter des programmes et pipelines d'analyse de séquençage à haut débit
  • de gérer les données
  • d'effectuer des analyses bioinformatiques grâce aux programmes implantés
  • de visualiser les résultats et de préparer des rapports et compte rendus présentant ces résultats à nos collaborateurs
  • d'aider à la formation en bioinformatique.

Profil, Savoir-faire, connaissances.

Vous maîtrisez ou avez un / une / des :

  • bon niveau de programmation
  • connaissance de langages Python, R, Bash, et un sytème de pipeline
  • expérience de la gestion collaborative de code source
  • expérience du système Linux
  • aptitude à la communication scientifique, ouverture d'esprit
  • rigueur, curiosité pluridisciplinaire et soif d'apprendre
  • esprit d'équipe et engagement vis à vis du projet.

Autres connaissances souhaitées :

  • connaissance de l'analyse de séquençage à haut débit
  • statistique, analyse exploratoire, machine learning
  • langage de programmation C/C++
  • bon niveau d'anglais.

En pratique

  • Poste CDD : durée 18 mois
  • Salaire: 2 130 € bruts
  • Salaire selon la grille CNRS pour ingénieur d'études (IE)
  • Sécurité sociale et avantages d'un contrat CNRS
  • Localisation : Montpellier, Sud de France
  • Environnement académique
  • Responsable: Eric Rivals http://www.lirmm.fr/~rivals/

Liens

Contexte de travail

Poste au sein de l'équipe de bioinformatique du LIRMM, (équipe MAB). Le LIRMM est l'unité de recherche en Informatique, Robotique et Microélectronique de Montpellier. L'équipe MAB est intégrée au département Informatique. Elle gère aussi une plateforme reconnue de services en bioinformatique. Son activité de recherche est valorisée par des publications d'excellent niveau en informatique, en bioinformatique ainsi que dans les domaine d'applications de la bioinformatique (biologie moléculaire, cancérologie, biologie des plantes, biologie évolutive), ainsi que par quelques brevets. Sa recherche est riche de collaborations régionales, nationales et internationales. Forte de 11 membres permanents, et 8 autres personnels (thèse, postdoctorat, ingénieur ou invité(e)), elle est intégrée au GdR de Bioinformatique, au GdR d'Informatique Mathématique et participe à des Instituts tels que France Génomique ou l'Institut Français de Bioinformatique depuis leur création.

Candidature

Procédure : Candidature officielle sur le site du CNRS Envoyer par mail - un CV complet - 2 contact de personnes pouvant vous recommander - 2 lettres de recommandations

Date limite : 14 mars 2022

Contacts

 Eric Rivals http://www.lirmm.fr/~rivals/

 riNOSPAMvals@lirmm.fr

Offre publiée le 4 février 2022, affichage jusqu'au 14 mars 2022