Mots-Clés

Réseaux métaboliques algues microbiome bio-analyse développement

Description

Missions

La mission consistera à développer une infrastructure de données pour prédire et étudier les capacités métaboliques de macro-algues en coopération avec leurs symbiotes. Un focus particulier sera apporté à l'algue Ascophyllum nodosum et ses extraits commerciaux, dont un des caractéristiques est son association mutualiste avec l'endophyte fongique «Mycophycias ascophylli» et d'autres microbes constituant un holobionte. Le but du projet sera de prédire avec la meilleure précision possible les capacités métaboliques de l'holobionte en combinant l'analyse de données multi-omiques (génomique, transcriptomique, métabolomique) produites dans le projet ANR Seabioz et les connaissances présentes dans la littérature sur des espèces cousines ou éloignées.

Activités

- Reconstruction de réseaux métaboliques pour des familles d'algues et leur microbiome : développement de pipeline d'analyse ad-hoc à partir des suites logicielles AuReMe/AuCoMe développées par l'équipe Dyliss.
- Intégration des résultats dans un entrepôt de données permettant une exploration interactive des résultats (suite logicielle Askomics). Proposition d'évolutions du logiciel Askomics en fonction des besoins.
- Analyse des interactions hôte microbiote (bio-analyse).
- Développement de méthodes spécifiques pour l'identification des molécules clés échangées au sein de l'holobionte (adaptation du package metage2metabo en fonction des besoins).

Compétences

Master d'informatique ou de bioinformatique.
- Programmation (python) : expert.
- Analyse de données en biologie.
- Ingénierie des connaissance (maitrise du sparql)
- Calcul sur des clusters, environnement virtualisés (docker).

Contexte de travail

Le travail sera réalisé au sein de l'équipe Dyliss de l'IRISA, sur le campus de Beaulieu de l'université de Rennes 1. Il s'intégrera dans le contexte du projet ANR Seabioz et demandera une collaboration étroite avec les chercheurs et chercheuses de la station biologique de Roscoff (visioconférences régulières, voire visites sur site à envisager).
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