Mots-Clés
bioinformatique
phytopathologie
transcriptomique
génomique
métagénomique
Description
Poste ouvert en concours externe
Emploi type : Ingénieur.e en calcul scientifique/BAP E
La structure que vous allez rejoindre
L’UMR PHIM s’intéresse aux interactions entre la plante et son environnement biotique qui ont un impact sur l'état sanitaire des plantes, leur croissance et leur productivité. PHIM développe des actions de recherche interdisciplinaires, à plusieurs échelles, sur les interactions des plantes avec les champignons, bactéries et virus, ainsi que sur les ravageurs des plantes. L’unité est composée de 130 permanents à Montpellier et en expatriation en Afrique, Amérique Latine et Asie. Elle mobilise des compétences en phytopathologie, entomologie, bactériologie, mycologie, virologie, épidémiologie, génétique des populations, biologie fonctionnelle, bio-informatique.
Une mission attractive
Votre mission consistera à participer aux projets de bio-informatique développés par les chercheurs au sein de l’unité PHIM. Vos activités se déclineront en:
- Conseiller pour le choix de méthodologies d’analyses bio-informatiques lors de l'élaboration d'un projet scientifique (y compris Plan de gestion des données).
- Assurer le traitement et l’exploitation de données “omics” (génomique, métagénomique, transcriptomique).
- Développer des outils de traitements automatisés de données biologiques et les appliquer.
- Créer des bases de données permettant le stockage, la gestion, l'analyse et la diffusion
- Assurer le transfert de connaissances et des savoir-faire : animation de réunions bio-informatiques, formations et/ou encadrement des scientifiques (partenaires en accueil, stagiaires et étudiants du nord et du sud).
- Participer au développement et au transfert d’outils bio-informatiques communs
Votre future équipe
Vous travaillerez prioritairement au sein de l’équipe VICITA qui étudie les interactions virus/céréales et l’équipe BRIO qui travaillent sur les interactions bactéries/microbiote/céréales dans les agroécosystèmes tropicaux. Ces deux équipes font partie des pôles VIROM et PHYTOBIOM de l’unité PHIM. A hauteur de 20% ETP, vous participerez au plateau bioinformatique IRD « i-Trop » ainsi qu’au groupe de réflexion et d’animation « bio-informatique » de l’unité.
Le profil que nous recherchons
Au cours de vos précédentes expériences, vous avez développé les compétences suivantes :
- Connaissances approfondies dans le domaine de la bio-informatique et les problématiques liées à l’analyse de données biologiques (échantillonnage, répétitions et variabilité biologique, big data…)
- Expérience dans l'analyse de données NGS de deuxième et troisième génération (détection de variants intrahôte, expression différentielle (transcriptomique), métagénomique (amplicons barcoding), génomique comparative, assemblage et reconstruction de génomes) sur des microorganismes et des plantes.
- Maîtrise d’au moins un langage de programmation (Python/Perl, R), des outils nécessaires à la reproductibilité (Rshiny, Jupyter lab, git, Singularity) et à la création de pipelines (Snakemake/NextFlow)
- Maîtriser les systèmes d'exploitation Linux et infrastructure de calcul (SLURM)
- Avoir des notions en biologie moléculaire, microbiologie, génomique, statistiques
Vous faites preuves des qualités humaines suivantes :
Travailler en équipe
Autonome et organisé
Communiquer avec des interlocuteurs divers (utilisateurs appartenant à différentes équipes de recherche ou au service informatique) Vous avez une vraie sensibilité pour la recherche en partenariat avec les pays du sud, et vous êtes prêts à réaliser des missions au sud auprès des partenaires
Diplôme requis de niveau Licence, domaine Informatique Scientifique