Mots-Clés

Programmation d'un modèle d'évolution Évolution artificielle Simulation maladies émergentes Génome Sélection naturelle

Description

(English version below)

Titre du stage :

Écologie-évolutive et génomique des maladies émergentes : simulations informatiques.

Contexte :

La pandémie de SARS-CoV-2 a ravivé un débat relatif à l’effet du dégénérescence de la biodiversité sur l’augmentation de la fréquence de zoonoses telle que celle qui a donné lieu à la pandémie actuelle car les zoonoses tendent à être plus fréquentes dans les régions où la biodiversité est en déclin.

Plusieurs mécanismes ont été invoqués, mais ils ne font pas intervenir la biologie évolutive. Pourtant, du point de vue du parasite, le changement d’hôte (zoonose) représente un saut évolutif majeur.

Objectif du stage :

Ce stage vise à étudier à l’aide de simulations, l’effet de la 6ième extinction de masse du vivant sur la fréquence des zoonoses, et les processus que cela met en jeu à l’échelle du génome du parasite. En particulier, l’effet de la 6ième extinction de masse du vivant sera étudié au travers de la taille efficace des populations. Le modèle d’évolution artificielle des génomes ‘Aevol’ sera utilisé.

Un autre modèle, en cours de validation, EvoSymbioses, simule la co-évolution hôtes-parasites, et les changements d’hôtes, mais pas l’évolution des génomes. Selon l’avancée de la validation de ce modèle, et les envies et avancées de l’étudiant⋅e, ce modèle pourrait aussi être utilisé.

Lieu et conditions du stage :

Selon les choix de l’étudiant quant à la thématique précise du stage, celui-ci se déroulera soit principalement dans l’équipe TrEE, co-dirigée par Fabien Pierrel et Bertrand Toussaint, de l’unité de recherche TIMC à Grenoble, soit principalement au sein de l’équipe-projet INRIA de Beagle dirigée par Guillaume Beslon, à L’INRIA de Lyon. La rémunération se fera sous forme de gratifications de 620€/mois pendant 6 mois.

Candidature :

Envoyer un CV et une lettre de motivation personnalisée par rapport à ce stage à Hugo Mathé-Hubert hugo.mathe-hubert@univ-grenoble-alpes.fr et Guillaume Beslon guillaume.beslon@inria.fr. N’hésitez pas à contacter Hugo Mathé-Hubert pour de plus amples informations avant une éventuelle candidature.

Title of the internship:

Evolutionary ecology and genomics of emerging diseases: computer simulations.

Background:

The SARS-CoV-2 pandemic has rekindled a debate on the effect of biodiversity degeneration on the increase in the frequency of zoonotic diseases such as the one that gave rise to the current pandemic, as zoonotic diseases tend to be more frequent in regions where biodiversity is declining.

Several mechanisms have been invoked, but they do not involve evolutionary biology. Yet, from the parasite's point of view, the change of host (zoonosis) represents a major evolutionary leap.

Aim of the internship:

This internship aims to study, using simulations, the effect of the 6th mass extinction of living organisms on the frequency of zoonoses, and the processes that this brings into play at the scale of the parasite genome. In particular, the effect of the 6th mass extinction of life will be studied through the effective population size. The ‘Aevol’ model of artificial genome evolution will be used.

Another model, currently being validated, EvoSymbioses, simulates host-parasite co-evolution and host changes, but not genome evolution. Depending on the progress of the validation of this model, and the student⋅e desires and advances, this model could also be used.

Geographical situation and conditions of the internship:

Depending on the student's choice regarding the precise theme of the internship, it will take place either in the TrEE team, co-directed by Fabien Pierrel and Bertrand Toussaint, of the TIMC research unit in Grenoble, or in the INRIA Beagle project-team directed by Guillaume Beslon, at INRIA in Lyon.

Application:

Send a CV and a letter of motivation personalized for this internship to Hugo Mathé-Hubert hugo.mathe-hubert@univ-grenoble-alpes.fr and Guillaume Beslon guillaume.beslon@inria.fr. Do not hesitate to contact Hugo Mathé-Hubert for further information before applying.