Mots-Clés
bioinformatique, NGS analysis, single cell genomics
Description
Environnement et contexte de travail
Sous la direction du Professeur Antoine Roquilly et Jeremie Poschmann (UMR1064, CR2TI, Equipe
6), les activités de l’équipe se concentrent sur les interactions entre un hôte et son pathogène, la
caractérisation de la cicatrice immunologique après une inflammation observée lors d’un
traumatisme, d’une septicémie ou d’un acte de chirurgie lourde. L’équipe étudie également les
conséquences à court et long termes d’une seconde infection. Notre programme de recherche
transdisciplinaire met en relation les expertises de cliniciens et de scientifiques pour promouvoir
l’excellence et l’innovation ainsi que pour fournir les meilleurs soins cliniques de médecine
personnalisé.
Missions
• Mettre en place les outils et les pipelines d’analyse de données de séquençage.
• Analyse de données de séquençage en cellule unique (scRNAseq, TCRseq, Visium), en bulk (DGEseq)
• Interpréter les résultats et les valoriser en collaborant de manière étroite avec les membres de
l’équipe.
Activités principales
Activité 1 :
- Analyse primaire de données de séquençage en cellule unique.
- Transmission et discussion de résultats scientifiques
Activité 2 :
- Développement d’outils pour l’analyse de données de séquençage
Compétences et connaissances requises
Savoirs généraux, théoriques ou disciplinaires :
- Maîtrise de langages de programmation (R, Perl, Python, shell, SQL)
- Maîtrise des systèmes d’exploitation UNIX
- Connaissances générales de génomiques
Savoir-faire opérationnels :
- Expertise dans l’utilisation d’outils bioinformatiques pour l’analyses de données de séquençage.
- Expérience dans l’analyse de données de séquençage.
Savoir-être :
- Bonne communication avec d’autre scientifiques
- Bonne maîtrise de l’anglais scientifique
- Bonne Organisation des tâches et gestion du temps
Profil recherché
• Versant : Fonction publique d’Etat
• Type de recrutement : Catégorie A, contractuel-le, durée du contrat : 18 mois
• Besoin temporaire
• Localisation : Nantes – Bd Jean Monnet
• Rémunération : selon la charte de gestion des contractuels de Nantes Université (entre 1845 et 2887 euros
bruts selon expérience dans le domaine)
• Formation et/ou qualification : Le/La candidat/candidate doit avoir obtenu au moins un Master en
Bioinformatique avec une composante biologie.
• Expériences antérieures bienvenues pour occuper le poste : Le/La candidat/candidate doit démontrer 3 ans
ou plus d’expérience de travail dans un environnement similaire.