Mots-Clés

Bioinformatique Single-Cell RNA-seq neurosciences R/Python

Description

Le Centre Turing pour les systèmes vivants (CENTURI) recherche un stagiaire en bioinformatique, ayant un fort intérêt pour l’analyse des données -omiques, principalement issues du séquençage à haut débit. Le stagiaire travaillera à un projet de recherche académique, au sein d’une plateforme d’ingénierie dotée de compétences variées.

Lors de son stage, l’étudiant travaillera plus spécifiquement sur un projet de recherche d’analyse transcriptomique du cortex somatosensoriel par une approche de single-cell RNA-sequencing. Le but du stage consiste à mettre en évidence des altérations transcriptionnelles au cours du développement des types de cellules du cortex somatosensoriel après la délétion du gène Neurod2 associé à l'autisme.

Description du projet de stage

La perte du facteur de transcription Neurod2, qui est normalement exprimé dans les neurones excitateurs corticaux, est responsable de troubles autistiques. Les souris déficientes (KO) pour le gène Neurod2 présentent des phénotypes spécifiques tels qu'une altération du comportement social, de la migration, de la connectivité et de l'excitabilité neuronale. Ce projet vise à étudier les types cellulaires et les gènes impliqués dans ce mécanisme par une analyse des données de RNA-seq sur cellule uniques (Single-Cell RNA sequencing) des cortex Neurod2 WT et KO à trois âges (P8, P16 et P30).

Les axes principaux du projet de stage sont les suivants :

1- Identifier les types de cellules et les gènes modifiés par la mutation germinale de Neurod2.

2- Capturer les changements temporels de l’expression des gènes de ces types cellulaires aux trois âges.

3- Mettre en place un pipeline d’analyse pouvant être réutilisé sur un cluster de calcul par l’équipe porteuse du projet de recherche.

Missions

L'étudiant(e) sera chargé(e) de:

• Prendre en charge les analyses bioinformatique des données single-cell RNA-seq du projet.

• Se documenter sur les meilleures méthodes actuellement publiées pour parvenir aux résultats demandés.

• Concevoir des rapports d'analyse pour communiquer ses résultats.

• Adapter le pipeline d'analyse conçu pour le rendre exécutable sur cluster de calcul HPC.

Profil recherché

Nous recherchons un(e) étudiant(e) de master 2 en bioinformatique ayant un fort intérêt pour l’analyse des données -omiques, principalement issues du séquençage à haut débit, et en particulier pour le single-cell RNA-seq. Le/la stagiaire analysera les données Single-Cell RNA-seq en veillant à appliquer les bonnes pratiques de l’open science (principes FAIR).

Nous recherchons une personne rigoureuse et autonome, capable d'interagir aisément avec des équipes pluridisciplinaires (biologie, bio-informatique, physique, mathématiques, informatique) et de communiquer sur ses choix d'analyse et ses résultats. Une expertise et/ou un intérêt pour le code R/Python et les neurosciences seront un plus.

Modalités d’accueil

Le Centre Turing pour les systèmes vivants (CENTURI) est un centre de recherche interdisciplinaire basé à Marseille. L'objectif du projet CENTURI est de déchiffrer la complexité des systèmes biologiques à travers la compréhension de la façon dont la fonction biologique émerge de l'organisation et de la dynamique des systèmes vivants. Dans ce contexte, la plateforme multi-ingénierie CENTURI (https://centuri-livingsystems.org/multi-engineering-platform/) a été créée pour fournir une expertise supplémentaire pour la recherche universitaire, dans le domaine de la bioinformatique mais également du traitement de l'image, de l'optique/biophotonique, de la mécatronique, de la microfluidique, de la gestion des logiciels/données. Les ingénieurs sont là pour aider et conseiller la communauté CENTURI dans leurs questions de recherche quotidiennes et participer à des projets à plus long terme.

Ce projet de stage est issu d’une collaboration interdisciplinaire entre le service bioinformatique de la plateforme multi-ingénierie CENTURI et l’équipe développement cortical de l’Institut de neurobiologie de la méditerranée (INMED).

Le stage se déroulera au sein de la plateforme multi-ingénierie CENTURI et sera co-encadré par Thomas Vannier (Ingénieur en bioinformatique de la plateforme multi-ingénierie CENTURI) et Antoine de Chevigny (Chercheur CNRS à l’INMED) qui est le porteur de ce projet de recherche. L'étudiant(e) sera formé aux analyses de données single-cell RNA-seq ainsi qu'au calcul sur cluster HPC.

Une très bonne expérience dans l’analyse de les données single-cell est présente sur la plateforme d’accueil mais également dans l’équipe CB2M du Centre d’Immunologie de Marseille Luminy (CIML) avec qui le stagiaire pourra être aidé dans ses choix d’analyse. Le/la stagiaire aura accès au cluster de calcul d’Aix-Marseille Université (Mésocentre) pour mener à bien ce projet qui repose sur l’analyse d’une quantité de données volumineuses et d’algorithmes coûteux en temps de calcul.

Sous réserve d’intérêt mutuel, CENTURI pourra proposer un contrat à durée déterminée de deux ans en tant qu’ingénieur d’étude en bioinformatique, au sein de la plateforme multi-ingénierie CENTURI.

Cette offre est à pourvoir dès maintenant mais aussi tout au long de l’année scolaire 2022/2023.