Mots-Clés

ETs (éléments transposables) polymorphismes d'insertion annotation REPET TRACKPOSON Python, R, bash

Description

Titre du stage:

Annotation des éléments transposables chez les agrumes du genre Microcitrus et étude de l’impact de l’hybridation intergénérique sur la variabilité de leurs sites d’insertion

Localisation : Station INRAE 20230 San Giuliano FRANCE (possibilité d’hébergement à la station) - CIRAD - av. Agropolis - TA A-108/03 - 34398 Montpellier Cedex 5 - France

Contexte:

La maladie du Huonglongbing ou HLB due à une bactérie du phloème (Candidatus liberibacter sp) transmise par insectes (Diaphorina citri et Trioza Erytreae) est aujourd’hui la principale contrainte de l’agrumiculture dans tout le monde intertropical et subtropical et menace aujourd’hui le Bassin Méditerranéen. Alors que toutes les espèces du genre Citrus sont sensibles, des travaux récents ont révélé des résistances chez certaines espèces australiennes des genres Microcitrus et Eremocitrus, sexuellement compatibles avec les agrumes cultivés du genre Citrus. Ces résultats ouvrent de nouvelles voies de lutte durable contre le HLB par le développement de variétés cultivées résistantes via l’introgression intergénérique des gènes de résistance.
Dans le cadre du projet Européen H2020 preHLB débuté en juin 2019, un consortium international (France, Espagne, Italie, Hollande, Chine et Brésil) se mobilise autour de cet objectif et développe de nouvelles ressources génomiques. Le CIRAD et le Genoscope ont ainsi généré un assemblage de novo en pseudo-chromosome pour le genre Microcitrus et des données de re-séquençage pour diverses accessions des genres Citrus, Microcitrus et des hybrides intergénériques sur plusieurs générations de recombinaison sexuée.
Le recours à des hybridations entre espèces éloignées implique un choc génomique (McClintock, 1984) conduisant entre autre à des variations épigénétiques et à une activation (mobilité, réplication) des éléments transposables, pouvant affecter l’expression des gènes et donc le phénotype. Malgré leurs petites tailles (entre 340 et 380 Mb), les génomes des agrumes présentent un pourcentage élevé d’éléments transposable (45% à 60%).

Objectifs du stage :
• Annotation des ETs dans le génome de référence du genre Microcitrus (citron caviar) établie par le Genoscope et le CIRAD (utilisation du pipeline REPET; base de données existantes pour les espèces voisines du genre Citrus)
• Construction d’une base de données des ETs pour le genre Microcitrus
• Intégration de l’annotation des ETs au Genome Browser du génome de référence du genre Microcitrus
• Etude de la variabilité des sites d’insertions chez différentes espèces des genres Citrus et Microcitrus et leurs hybrides inter-génériques à partir de données de re-séquençage Illumina pair-ends (2x150pb; 30-40 X) à l’aide du pipeline TRACKPOSON (détection des polymorphismes d’insertion d’ETs)

Encadrement:

Patrick Ollitrault (CIRAD, coordination projet), Giraud Delphine (INRAE, annotation des ETs et diversité des sites d’insertion des ETs), Barbara Hufnagel (CIRAD, HLB)