Mots-Clés

bioinformatique analyse calcul sequençage biologie

Description

Le CRefIX (Centre de REFérence, d’Innovation, d’eXpertise et de transfert) est, avec les plateformes de séquençage et le centre d’analyse de données, une des trois structures clés du Plan France Médecine Génomique 2025 (FMG 2025) visant à déployer l’analyse génomique dans l’offre de soins.

En s’appuyant sur l’expertise du CEA, de l’Inria et de l’Inserm, ce centre de R&D doit 1) établir les standards nécessaires à assurer la reproductibilité et l’interopérabilité des données et 2) stimuler l'innovation, anticiper et accélérer le transfert technologique en lien avec le milieu industriel afin d'assurer la compétitivité du plan et développer une filière industrielle nationale. L’étude de la faisabilité opérationnelle (technique et logistique) et de l’intérêt économique de l’implémentation de nouvelles technologies ou méthodologies, côté biologie ou bio-informatique, dans le parcours de soin est une partie intégrante des missions du CRefIX.

Hébergé au sein du Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH-CEA), le CRefIX bénéficie de l’expertise existante sur les nouvelles technologies de séquençage et, via ses tutelles et le plan, collabore déjà et/ou ambitionne de collaborer avec l’ensemble des parties prenantes impliquées dans la génomique médicale (développement technologique/biotech, équipementiers, bio-informatique, CHU, etc.).

Dans le cadre de cet essor, le CRefIX recrute un(e) ingénieur(e) en bioinformatique.

Le CRefIX vous propose de mettre en œuvre et d'organiser la veille technologique sur les procédures informatiques et bioinformatiques à déployer sur les plateformes de séquençage et sur le CAD. Vous évoluerez au sein d'équipes bioinformatiques et les accompagnerez dans l’organisation du transfert de connaissances vers les plateformes de séquençage du PFMG2025. Vous deviendrez un référent technique du CRefIX pour les choix d’implémentation ou d’optimisation de solutions de traitement informatiques et bioinformatiques.

De manière plus spécifique, vous serez en charge de :

• la veille technologique dans le domaine du traitement de données issues de la génomique et transcriptomique ;
• la définition et la réalisation de benchmarks permettant d'évaluer et comparer les solutions logicielles ou matérielles (GPU, FPGA);
• l'installation et la gestion de logiciels métiers (bioinformatiques) sur l'infrastructure du Crefix ;
• l'échange de connaissances avec les bioinformaticiens des plateformes et du CAD;
• la rédaction de procédures d’exploitation normalisées (SOP) ;
• la présentation des travaux auprès des comités d’évaluation et des plateformes de séquençage du PFMG2025 ;

VOTRE PROFIL 

Formation

Titulaire d'un doctorat ou d’un diplôme d'ingénieur, vous devrez justifier d’une formation en informatique ou bioinformatique, suivie d’une expérience en analyse de données dans le domaine du NGS.

Compétences Requises

Aptitudes :

• rigueur et méthodologie ;
• attrait pour le travail rédactionnel ;
• aptitude à comprendre des problématiques scientifiques ;
• capacités à communiquer au sein d'équipes pluridisciplinaires ;

Connaissances techniques :

• bonne connaissance du domaine du génie logiciel et de la bioinformatique ;
• bonne connaissance des outils Unix et des outils de traitement de données NGS;
• bon niveau d'anglais.