Mots-Clés

peptides design Lyme disease diagnostics

Description

La maladie de Lyme est transmise par une bactérie du genre Borrelia suite à la morsure d’une tique. Son diagnostic est actuellement basé sur le tableau clinique du patient associé au résultat d’un test sérologique qui mesure indirectement la présence d’anticorps secrétés. Néanmoins, ce test a des limites en termes de sensibilité et de fiabilité, induisant un nombre élevé de faux positifs/négatifs. Dans ce contexte, ce stage vise à concevoir in silico et à optimiser des ligands peptidiques capables de détecter directement la bactérie et exploitables pour le développement d’un test diagnostique direct. Ce travail s’insère dans un projet plus ample qui a déjà démarré. Un stage précédent (Automne 2021) nous a permis d’étudier in silico l’interaction naturelle et bien décrite entre une protéine du complément humaine (FHL-1) et une protéine de surface de la bactérie B. burgdorferi (BbCRASP-2) et de concevoir trois peptides mimant les sites d’interaction entre FHL-1 et BbCRASP-2 en utilisant des approches in silico avancées. Ces peptides seront donc optimisés pour reconnaitre in vitro BbCRASP-2 et de nouveaux peptides seront conçus. Les peptides retenus seront par la suite testés in vitro et utilisés pour le développement d’un test diagnostique direct. De plus, au sein du stage, les jalons pour le développement d’un nouveau algorithme pour la conception de peptides ayant une structure secondaire précise seront posés.

Lyme disease is a tick-borne disease caused by bacteria of the Borrelia species. The diagnosis of this disease is at the moment based on the patients' clinical data together with the results of a serological test, which indirectly detect the presence of secreted antibodies. However, this test has low sensibility and reliability, showing many false positives/negatives. In this context, this internship aims to in silico design and optimize peptide ligands able to directly detect the bacteria and exploitable for the development of a direct test. This work is part of a wider project which has already started. A previous internship allowed us to study the natural and wel-described interaction between a human complement protein and a bacterial surface protein and to design 3 peptides mimicking the interaction sites between these two proteins by exploiting advanced in silico approaches. These peptides will be then optimized for the in vitro recognition of the bacterial protein and new peptides will be designed. The retained peptides will be in vitro tested and used for the developement of a direct diagnostic test. In addition, within the internship, the bases for the development of a new algorithm for the design of peptides with a desired secondary structure will be defined.