Mots-Clés

microbiote, antibiotique, diagnostic, shotgun

Description

La société

Luxia Scientific est une jeune entreprise innovante, basée au Genopole à Evry, qui développe et commercialise de nouveaux diagnostics basés sur le séquençage métagenomique et ciblant les microbiotes humains. Elle a développé 1test1TM : le premier diagnostic de la perte de diversité bactérienne du microbiote intestinal et VagiBioteTM diagnostic de la Vaginose Bactérienne chez les femmes. Afin de continuer notre innovation nous cherchons à identifier précisément les gènes de résistance aux antibiotiques présents dans les bactéries de nos microbiotes.

Le stage :

Nous recherchons une personne autonome et dynamique, ayant de préférence fait un premier cycle scientifique suivi d’un master en bioinformatiques.

La mission proposée s’articulera autour du projet de résistance aux antibiotiques :

-           Identification et analyse critique des bases de données actuelles ;

-           Développement d’un pipeline d’analyse basé sur le séquençage de troisième génération d’Oxford Nanopore Technologies (ONT).

Un point de départ sera la prise en main de la fonctionnalité Fastq Antimicrobial Resistance de la plateforme Web EPI2ME d’ONT, qui est basée sur le logiciel de classification Centrifuge, la base de données NCBI RefSeq, le logiciel d’alignement Minimap2 et la base de données CARD. D’autres outils plus ou moins élaborés, proposés par la communauté ONT seront par la suite explorés. Il s’agira à terme de disposer d’un pipeline local performant, entièrement automatisé et facile d’utilisation, personnalisable à souhait sur les gènes de résistance spécifiquement recherchés. Le stagiaire pourra s’appuyer sur une solide base existante à travers le pipeline d’analyse déjà effectif pour les diagnostics 1test1TM et VagiBioteTM. Une manipulation aisée et autonome de l’environnement Linux et de la programmation BASH sera indispensable pour la mise en place du nouveau pipeline. Une bonne connaissance du langage Python ou du langage R est également requise.

La date de début de stage sera de préférence au mois de Février 2023. Les locaux de la société sont situés au Campus 3 Genopole, 4 Rue Pierre Fontaine, Evry Courcouronnes.