Mots-Clés

Génétique des populations génomique ADN ancien

Description

Informations générales :

Localisation du poste : Musée de l’Homme (17 Place du Trocadéro, 75016 Paris)

Type de contrat : CDD

Durée du contrat : 11 mois

Date d'embauche prévue : 1 janvier 2023

Quotité de travail : Temps complet

Rémunération : salaire Ingénieur

Niveau d'études souhaité : Doctorat ou Ingénieur.e 

Le poste :

La ou le candidat.e travaillera au sein de l’UMR d’Eco-anthropologie, située au Musée de l’Homme. Elle ou il assistera les chercheur.es du laboratoire dans l’analyse des données génétiques. En particulier, le laboratoire présente une forte activité en paléogénétique. Via la collaboration entre les chercheur.es de l’équipe d’Anthropologie biologique et bio-archéologie (ABBA), celles et ceux de l’équipe d’Anthropologie Génétique (Agène) et la plateforme de biologie moléculaire P2GM, un grand nombre de données génétiques sont produites.

La ou le candidat.e mettra en place un pipeline d’analyse génomique adapté à l’ADN ancien permettant le prétraitement des données générées au laboratoire : alignement sur le génome de référence, génotypage, estimation du taux de contamination, analyses de base en génétique des populations. Elle ou il travaillera en collaboration avec des chercheur.es et doctorant.es en paléogénétique travaillant au laboratoire, prendra en main certains protocoles déjà existants, les améliorera, et travaillera à leur automatisation.

Relations professionnelles :

La ou le candidat.e  sera sous la responsabilité de Céline Bon ; elle ou il travaillera en étroite collaboration avec les membres de l’équipe d’Anthropologie Génétique (Agène).

Connaissances et compétences nécessaires :

• Maîtrise de la programmation en R et/ou Python.
• Maîtrise de logiciels requis pour l'analyse de données génomiques (bwa, samtools, PLINK, GATK)
• Maîtrise de l'anglais scientifique écrit et oral
• Compétences en analyse de données paléogénétiques serait un plus
• Connaissance pratique des gestionnaires de version (Git) et gestionnaires de workflow (Snakemake) souhaitée

Profil recherché :
- Doctorat ou diplôme d'ingénieur.e en bioinformatique, biostatistiques ou biologie.
- Expérience en bioinformatique appliquée aux données génomiques.
- Compréhension des principales analyses de génétique des populations souhaitée
- Capacités organisationnelles, présentation synthétique des résultats scientifiques.
- Capacité à travailler en équipe, capacités d'écoute et de proposition.
-Autonomie.
- Intérêt pour les aspects méthodologiques de l'analyse de données.