Mots-Clés
Méthylome
Transcriptome
Intégration de données
Description
Vos missions et activités
Vous serez accueilli(e) au sein de l’équipe MECP2 (Mécanismes Epigénétiques de Construction/ Prédiction des phénotypes) de l’unité BREED (Biologie de la Reproduction Environnement Epigénétique et
Développement). Cette équipe travaille sur les mécanismes moléculaires sous-jacents aux effets à moyen/long terme de l’environnement au cours du développement des mammifères. On sait maintenant que les modifications de l’environnement des embryons dans les premiers jours qui suivent la fécondation ont des effets à moyen et long terme et même parfois sur la santé de l’individu à l’âge adulte. En particulier la production in vitro des embryons affecte leur potentiel de développement et peut avoir des effets jusque sur la physiologie de l’individu à naître. Ces effets à long terme sont très vraisemblablement médiés par des modifications épigénétiques, dont la méthylation de l’ADN. Ils diffèrent souvent selon le sexe de l’individu. Le projet ANR, auquel vous participerez utilise le bovin comme modèle pour étudier les effets à moyen/long terme de la production in vitro des embryons jusqu’à Jour 7 (couramment utilisée dans cette espèce) sur l’épigénome et le transcriptome des individus mâles ou femelles à deux stades de développement ultérieurs : l’embryon juste avant implantation (Jour 18) et le fœtus (Jour 40). Ce projet vise à identifier au niveau moléculaire les dimorphismes sexuels liés à la seule composition chromosomique (XX ou XY), avant toute imprégnation hormonale, et l’effet de conditions de l’environnement de l’embryon sur ces dimorphismes.
Vous serez plus particulièrement en charge de
- L’exploitation des données produites dans le cadre d’analyse pangénomique d’une centaine de méthylomes (5me-cytosines) obtenus par « Reduced Representative Bisulfite Sequencing » (RRBS) à partir des tissus extra-embryonnaires à Jour 18 de développement et de quatre tissus fœtaux à Jour 40 de développement (foie, gonades, cerveau, placenta) issus de 5 individus mâles et 5 individus femelles développés soit in vivo ou soit in vitro. Vous utiliserez le pipeline bio-informatique d’analyse haut débit mis en place au laboratoire associant différents algorithmes (TrimGalore, Bismark Bisulfite reader mapper and methylation caller, methylKit-Bioconductor/edgeR/DSS) afin d’identifier les positions CpG du génome bovin et de sélectionner celles différentiellement méthylées (DMC) entre groupes expérimentaux (sexes et/ou conditions de développement de l’embryon), après filtration des Single Nucleotide Polymorphismes.
- L’interprétation fonctionnelle par identification des gènes ciblés par les positions différentiellement méthylées, par analyse d’enrichissements (DAVID, WebGestalt (WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit ou autres) et détermination des voies de signalisation ou fonctions particulièrement touchées par les différentiels de méthylation.
- L’intégration pour chaque tissu des résultats de transcriptome (données de RNAseq obtenues sur les mêmes échantillons disponibles au laboratoire) et de méthylome d’abord par comparaison des régions identifiées comme contenant des DMC, et des gènes différentiellement exprimés, puis par utilisation de logiciels d’intégration de données que vous proposerez après étude de la littérature.
- La comparaison des résultats obtenus dans les différents tissus à Jour 40 et celle des résultats obtenus sur les tissus extra-embryonnaires aux stades de développement Jour 18 et Jour 40 (intégration dans l’espace et dans le temps des résultats).
Conditions particulières d’activité :
Vous traiterez donc les données disponibles au laboratoire, issues d’un design expérimental riche afin d’en extraire des informations fonctionnelles. Vous aurez accès à la plateforme bio-informatique d’INRAE et aux ressources associées (Genotoul). Vous disposerez de logiciels mis en place au laboratoire et serez force de proposition pour tester différents outils d’intégration des données de transcriptome et de méthylome et de représentation graphique des données. Vous interagirez très régulièrement avec les bio-informaticiens, biostatisticiens et biologistes du laboratoire pour prendre en charge les données et les outils d’analyse déjà disponibles, expliquer les choix méthodologiques que vous proposez, leur présenter les résultats, et discuter des implications biologiques des résultats obtenus.
Profil recherché
Formation recommandée : Master 2 ou formation de niveau au moins équivalent en bio-informatique. Une double formation biologie /bio-informatique serait un plus. Un intérêt pour les questions biologiques sous-jacentes est fortement recommandé.
Connaissances souhaitées : Utilisation de R avancée, connaissances en python et shell.
Expérience appréciée : Pratique de l’analyse de données haut débit.
Aptitudes recherchées :
- Capacité à interagir avec les bio-informaticiens, biostatisticiens et biologistes du laboratoire.
- Capacité à s’adapter et à apprendre rapidement du fait de la durée courte du contrat.