Mots-Clés

Genomique, Séquençage, Variant Calling

Description

Le Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH) du Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), localisé au sein de la Genopole d'Evry, a comme objectif principal de faire avancer la recherche en génétique des maladies humaines. A cette fin, le CNRGH a développé des laboratoires et des plateformes technologiques de pointe en génomique. Les technologies disponibles au CNRGH vont de plateformes de génotypage à haut débit complètement intégrées à des plateformes de séquençage nouvelle-génération. Les activités incluent des études d'association génome entier, d'expression pan-génomiques, épigénétiques, de génomique fonctionnelle et de séquençage génome entier. Ce recrutement s’inscrit dans le cadre de missions de France Génomique pour l’évaluation des technologies de séquençage courts et longs fragments (Illumina, Oxford Nanopore, PacBio) et de leur impact potentiel pour la Génomique Humaine.

Le poste

La mission principale envisagée est l’accompagnement bioinformatique associé aux développements expérimentaux réalisés par les différentes plateformes technologiques du CNRGH. Les missions intégreront l’analyse de données générées par les dernières technologies de séquençage Illumina, Nanopores et Pacbio dans le cadre d’études du génome, transcriptome et épigénome. Ces analyses nécessiteront le développement et déploiement des processus d’analyses conformes aux bonnes pratiques de la communauté et de proposer des solutions de reporting pour les équipes expérimentales. Une veille scientifique sera réalisée sur les différentes domaines associés au poste. Ces travaux seront partagés avec la communauté au travers de différents forum et congrès.

Profil du candidat

Titulaires d'une formation d'ingénieur, les candidats devront justifier d’une expérience dans le domaine de la Génomique associée au développement d’outils bioinformatiques et une connaissance d’un ou plusieurs langages parmi les suivants : Python, C, C++, R, bash. Une première expérience de développement sur un cluster de calcul sera appréciée. Ce poste demande des capacités à travailler en equipe, à communiquer au sein d'équipes pluridisciplinaires, à comprendre les problématiques scientifiques, de la rigueur et de l'autonomie.

Détails

• Contrat : CDD
• Lieu : Evry
• Package : salaire selon formation et expérience, participation aux conférences scientifiques et techniques
• Télétravail possible