Mots-Clés
Bio-analyse - Big data - Gestion des données
Description
♦ UMR DIADE à Montpellier
♦ Poste ouvert en mobilité interne, externe et CDD 24 mois
♦ Catégorie A - Assistant Ingénieur - Groupe 2
♦ Emploi type E3C43 - Assistant-e en ingénierie logicielle
La structure que vous allez rejoindre
L’unité de recherche Diversité, Adaptation et Développement des Plantes, DIADE rassemble une centaine de chercheurs, ingénieurs, techniciens de recherche et stagiaires sur l’étude de plantes d’intérêt agronomique pour les pays du Sud. Les mécanismes contrôlant le développement de ces plantes, les impacts de la diversité génétique sur ces processus et leur importance pour l’adaptation des plantes aux conditions environnementales sont les cibles de ces travaux de recherche. L’unité est basée sur le centre de l’Institut de Recherche pour le Développement à Montpellier, et entretient des connections étroites avec, d’une part, l’université de Montpellier, et d’autre part, avec différents laboratoires partenaires internationaux, notamment en Asie du Sud-Est, en Afrique de l’Ouest et en Amérique latine.
Avec l’essor des technologies de séquençage haut débit de 3ème et 4ème génération (Illumina, Pacbio, ONT MiniION), le verrou au niveau des projets de séquençage à haut débit n’est pas la production de données mais sa gestion et son traitement. Les différentes équipes de l’unité (ADVENS, DYNADIV, EDI, F2F, RICE, CoffeAdapt, REDG) produisent des millions de séquences dans le cadre de leurs projets de recherche.
Une mission attractive
Sous la responsabilité de Yves Vigouroux, directeur de l'unité, vous participerez à l’analyse et à la gestion des données et au soutien bio-informatique des programmes scientifiques de l’unité.
Vous développerez des applications sur les thématiques de l'unité et participerez à la mise au point et le développement d'outils bio-informatiques concernant l'analyse de grand volume de données génomiques/de séquençage haut débit (analyses transcriptomiques, détection de variants structuraux, traitement post-NGS, GWAS).
Vous interagirez avec les utilisateurs afin de mettre au point les paramètres nécessaires à l'analyse des données et à leur réalisation.
Ce poste s’inscrit également dans le cadre des activités du plateau bioinformatique Itrop qui compte plus de 170 utilisateurs au niveau du centre IRD. Vous travaillerez en étroite collaboration avec les 6 ingénieurs bio-informaticiens et informaticiens qui assurent la gestion de ce plateau mutualisé. Vous consacrerez 20 % de votre temps à des activités transversales inter-unité au sein de ce plateau.
Vos activités seront les suivantes :
- Réaliser le traitement bio-informatique et le stockage des données générées au sein de projets de séquençage.
- Participer au développement d’outils nécessaires à l’analyse et à l’intégration des données issues de projets de séquençage à haut débit.
- Assurer la maintenance et le support technique des logiciels (détection et correction des dysfonctionnements) ainsi que la formation des scientifiques pour prendre en main ces outils.
- Participer à la gestion mutualisée du plateau bio-informatique i-trop en apportant une assistance technique auprès des utilisateurs et en participant aux activités transversales sous la responsabilité des bio-informaticiens (respect des normes qualité, formation et développement de briques logicielles).
- Effectuer une veille technologique liés au domaine de compétence. Suivre l’évolution des techniques du domaine d’activité.
- Participer à la rédaction de documentations techniques pour les programmes développés.
Votre future équipe
Vous interagirez avec plusieurs agents de l’UMR, pour des projets collaboratifs, ayant des compétences dans votre domaine pour développer des projets au sein des équipes travaillant sur la diversité, l’adaptation et le développement des plantes.
Vous réaliserez des analyses et des développements méthodologiques transversaux en autonomie et en collaboration avec d’autres ingénieurs et techniciens de l’UMR.
Le profil que nous recherchons
Vous avez développé les compétences suivantes :
- Connaissances générales des approches bio-informatiques pour l’analyse de données de séquençage haut débit (WGS, RNA-seq).
- Connaissances opérationnelles des techniques de programmation liées à l’analyse bio-informatique de données : Unix/Linux Slurm, langage Python).
- Connaissances souhaitées : gestionnaire de workflow (snakemake, nextflow), jupyter book, R, git.
- Connaissance de l’anglais technique et scientifique du domaine (Niveau B2).
- Connaissances de base en biologie seraient un plus.
- Des compétences même minimales en statistiques seront appréciées.
Vous faites preuves des qualités humaines suivantes :
- Goût pour le travail en équipe dans un milieu pluridisciplinaire et multiculturel.
- Autonomie, rigueur et sens de l’initiative
- Adaptabilité technique et thématique/capacité à s’adapter face à un public de non spécialistes.
- Sens de l'organisation et de planification de ses activités en intégrant les contraintes externes.
Vous possédez un diplôme de niveau de niveau 5/6 (BTS, DUT, Licence).
Une expérience professionnelle préalable est indispensable.
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