Caractérisation des phages du microbiote intestinal humain
Stage · Stage M2 · 6 mois Bac+5 / Master Institut Micalis · JOUY EN JOSAS (France) 5,2€/h
Date de prise de poste : 3 avril 2023
Mots-Clés
Bio informatique, Recherche
Description
Caractérisation des phages du microbiote intestinal humain
Site d’accueil : Equipe Phages, Institut Micalis, Jouy en Josas (déplacements ponctuels à MaaT Pharma, Lyon)
Contact : Marie-Agnès Petit, Directeur de Recherche - marie-agnes.petit@inrae.fr
Durée du stage : 6 mois, possibilité de thèse à la suite
Début de stage : Dès que possible
Date de publication : 15/02/2023
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MaaT Pharma est une société de biotechnologie, leader de l’industrie, mettant en œuvre une approche médicale innovante centrée sur le microbiote intestinal afin de traiter des maladies graves dans le domaine de l’oncologie. En s’appuyant sur son expertise du microbiote intestinal, ses compétences en développement de médicaments et sa plateforme de biologie computationnelle gutPrint®, MaaT Pharma a développé un pipeline constitué de plusieurs candidats-médicaments. Le plus avancé est actuellement évalué en essai clinique de Phase 3.
L'équipe Phages est une équipe de recherche de l’institut Micalis à l’INRAE. Elle rassemble une dizaine de membres, dont 5 statutaires. Ses travaux portent notamment sur la compréhension du rôle que peuvent jouer les phages dans le microbiote intestinal, par une combinaison d'approches moléculaires, écologiques et bio-informatiques. |
Contexte du stage
Les phages sont une composante importante du microbiote intestinal humain dont la caractérisation reste encore à approfondir, en particulier dans le contexte de la mise en œuvre de thérapies de restauration du microbiote.
Le stage que nous proposons vise à mettre en place une approche permettant une caractérisation simultanée du virome et bactériome à partir d’échantillons fécaux, afin de suivre leur évolution et leurs interactions dans le contexte de l’administration de thérapies issues du microbiote. L’objectif du stage sera de faire un état des lieux et une comparaison des approches moléculaires et d’analyse bioinformatique des données existantes, et d’identifier la méthode la plus appropriée ou à développer pour répondre aux questions posées.
Principales missions
- Faire un état des lieux des approches existantes (moléculaires et bioinformatiques) pour l’analyse des différents types de phages du microbiote (phages à ADN, à ARN, double brin, simple brin).
- Réaliser une comparaison des méthodes moléculaires applicables à des échantillons de microbiote intestinal humain pour l’extraction d’ADN/ARN de phages, et identifier les paramètres critiques ainsi que les pistes d’amélioration.
- Analyser les données de séquençage disponibles et générées avec les outils bioinformatique existants, et identifier les paramètres critiques ainsi que les pistes d’amélioration.
- Rédiger un rapport d’analyse résumant les travaux effectués et résultats obtenus, ainsi que les pistes d’améliorations identifiées.
Qualifications et expérience
Formation de niveau bac+5 en biologie moléculaire.
Une expérience dans l'analyse de données génomiques et métagénomiques NGS sera un plus.
Bonnes aptitudes de communication, curiosité, rigueur, capacité à travailler dans une équipe multidisciplinaire.
Candidature
Procédure :
Date limite : 31 mars 2023
Contacts
Noémie Laurent
caNOSPAMreers@maat-pharma.com
Offre publiée le 17 février 2023, affichage jusqu'au 31 mars 2023