Mots-Clés

statistiques robustesse ovins

Description

Vous exercerez votre activité au sein de l’équipe GeSPR (Génétique et Sélection des Petits Ruminants) dont les travaux de recherche portent sur l’étude génétique de nouveaux critères pour la sélection d’animaux adaptés à des systèmes d’élevage agro-écologique. Dans ces systèmes, les animaux sont notamment confrontés à plus d’aléas météorologiques, à une alimentation plus variable en qualité et quantité et à moins d’intrants médicamenteux. Dans cet objectif, l’équipe GeSPR, a fortement investit dans la mise en œuvre de mesures à haut débit de l’ingestion des animaux, dans l’imagerie pour caractériser l’état corporel et la morphologie des animaux, dans le monitoring de la santé et des comportements dans différentes conditions d’élevage. L’acquisition de ces grands jeux de données se fait en collaboration avec l’équipe Informatique et Automatisme et l'installation expérimentale de l'unité et les unités expérimentales P3R (Pôle Phénotypage Petits Ruminants) à Bourges et La Fage (à Saint-Jean Saint-Paul, Aveyron).

¡ Vous assurerez le prétraitement et l’organisation des données brutes haut-débit provenant des automates de phénotypage. Dans le cadre de la réflexion sur l’accès à ces données (en liaison avec la politique « open data » de l’INRAE et le concept FAIR), vous participerez à la mise en œuvre d’une démarche qualité de ces données en étroite collaboration avec les personnels de l'unité investis sur cette question et les unités expérimentales. Vous assurerez l'analyse de ces données ainsi qu'une veille méthodologique afin de proposer, implanter, adapter ou mettre au point des méthodes de traitement de ces données. A l'issue de ces analyses, vous proposerez des critères originaux résumant la diversité des données disponibles (leurs trajectoires et leurs variabilités, des combinaisons explicatives de données…). Pour mener à bien votre mission vous pourrez collaborer avec des personnels du laboratoire développant des approches similaires chez d'autres espèces (monogastriques) ou extérieur à l’unité travaillant en mathématique appliquée.

Votre objectif final sera d’identifier de nouveaux prédicteurs et biomarqueurs de caractères d’intérêt agronomique pour leur amélioration génétique. Vous pourrez participer en collaboration avec les des généticiens de l’équipe aux analyses génétiques de ces critères (estimation de paramètres génétiques, analyses d’association, évaluations génomiques), à la caractérisation des relations génétiques et fonctionnelles entre différentes fonctions biologiques.

¡ Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR GENPHYSE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevages)

L’unité mixte de recherche GenPhySE (Génétique Physiologie et Systèmes d’Elevage) a été créée en 2014 par la fusion de trois unités du site INRAE-Occitanie Toulouse. Elle regroupe environ 240 agents (160 titulaires et 80 non titulaires). L'unité comprend également une Installation Expérimentale permettant de décliner des travaux de recherche chez les ovins et les lapins et le développement d'outils de phénotypage haut-débit. L'activité scientifique de GenPhySE est dédiée à faire évoluer les systèmes de production animale par des innovations génétiques, nutritionnelles et de conduite d'élevage, dans une perspective de production durable.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

•    Organiser la chaîne de traitement des données, de la collecte à l'analyse statistique

•    Rédiger des documentations pour les utilisateurs des chaînes de traitement

•    Choisir et appliquer les méthodes statistiques existantes les plus pertinentes sur des corpus de données

•    Développer des programmes spécifiques pour prendre en compte les particularités d'une étude statistique

•    Déterminer les méthodes/logiciels les mieux adaptés et les plus performants pour l'étude ou le projet en cours

•    Participer à la rédaction des rapports et des synthèses de présentation des résultats des analyses statistiques

•    Effectuer des présentations et des formations pour assurer un transfert de compétences