Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

interaction protéine membrane modélisation mesoscopique toxines

Description

Le sujet de thèse concerne la mise au point de modèles physiques décrivant la translocation de protéines à travers des membranes. Ces modèles seront basés sur une modélisation mésoscopiques des systèmes, et calibrés à l’aide de simulations de dynamique moléculaire tout-atomes. Les protéines étudiées sont des toxines botuliques ou des cytolysines. Leur toxicité est reliée à un passage à travers une membrane cellulaire ou vésiculaire. La modélisation mésoscopique sera basée sur des approches à gros grains (coarse-grained) ainsi que sur des approches de géometrie différentielle considérant la membrane comme une surface plane. Les mécanismes de translocation proposés grâce à la modélisation permettront d’envisager des expériences de validation, en particulier par Résonance Magnétique Nucléaire (RMN), pour lesquelles des collaborations ont déjà été établies. L’élucidation de ces mécanismes présente une importance cruciale pour le développement d’anticorps ciblant spécifiquement les protéines d’intérêt.