Mots-Clés

Knowledge Graph Data mining Endometriosis Toxicology

Description

Durée : 3 ans, à partir de septembre-octobre 2023
Lieu : Toulouse, France
Directeurs : Fabien Jourdan et Clément Frainay

L'Institut National de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) recherche une personne motivée pour rejoindre notre équipe en tant que doctorant. Le candidat retenu travaillera sur un projet de 3 ans visant à comprendre les mécanismes sous-jacents de l'endométriose et sa relation avec les polluants environnementaux. Le projet impliquera l'utilisation de graphes de connaissances et de techniques bioinformatiques avancées pour analyser des ensembles de données à grande échelle. Le candidat retenu sera impliqué dans un projet plus large financé par la Fondation pour la recherche médicale (FRM) comprenant des épidémiologistes, des biochimistes et des spécialistes de la métabolomique. Le candidat retenu aura l'opportunité de travailler au sein de l'équipe Métabolisme et Xénobiotiques, une équipe multidisciplinaire composée de bioinformaticiens et de chercheurs en toxicologie, et aura accès aux données et aux équipements computationnels déjà disponibles dans notre laboratoire. Le programme de doctorat permettra au candidat de développer son projet de recherche et d'acquérir une expérience dans le domaine.

Principales responsabilités :
- Développer et mettre en œuvre une méthode bioinformatique pour générer des graphes de connaissances personnalisés axés sur l'endométriose et les polluants environnementaux, à partir d'un graphe de connaissances global produit dans le laboratoire.
- Collaborer avec d'autres membres de l'équipe et du consortium pour concevoir, exécuter des analyses sur le graphe de connaissances et interpréter les résultats produits.
- Rédiger et publier des articles scientifiques et présenter ses résultats lors de conférences.
- Effectuer en routine une analyse approfondie de la littérature dans le domaine.
- participer à la supervision d'étudiants.

Qualifications :
- Master en bioinformatique, en informatique ou dans un domaine connexe.
- Bonnes compétences en programmation (en Python/R/Java ou dans des langages similaires)
- Intérêt pour les sciences biomédicales et/ou la toxicologie
- Solides compétences en communication écrite et orale
- Capacité à travailler de manière indépendante et en équipe.

Qualifications supplémentaires souhaitées (qui peuvent également être acquises au cours du doctorat) :
- Connaissance des langages d'interrogation des bases de données de graphes tels que SPARQL et Cypher
- Connaissance des techniques de fouille de texte et de NLP
- Expérience des ontologies et des technologies du web sémantique
- Expérience de l'analyse de données basée sur les graphes
- Gestion de projets logiciels et déploiement en environement de production (tests, version control, CI/CD)
- Expérience des bases de données chimio/bio-informatiques telles que PubChem, KEGG ou Reactome

Lieu de travail :
Le laboratoire est situé à Toulouse, et est accessible depuis le centre ville par les transports en commun. Travail à distance possible jusqu'à 3 jours par semaine.