Mots-Clés

Virologie VIH Bio-informatique génomique NGS séquences phylogénie épidémiologie

Description

L'hôpital Saint Louis, APHP, à Paris recherche un Bio-informaticien pour rejoindre son équipe de virologie dans le cadre du Centre National de Référence du VIH (CNR VIH). Ce poste de 12 mois en CDD renouvelable (5 ans) est destiné à un candidat possédant un Master2 en biologie, bioinformatique ou une discipline connexe.

Le bio-informaticien aura pour mission d’aider à la mise en place d’une base nationale de données de séquences pour améliorer la surveillance de la dynamique épidémique du VIH en France grâce aux outils de phylogénie. L’identification en temps réel de réseaux de transmission pourrait permettre des actions de dépistage, de prévention et de prise en charge mieux ciblées. Pour ce faire, il devra gérer les bases de données et effectuer les analyses de phylogénie.

Il aura également pour mission d’analyser des séquences NGS afin d’identifier des variants minoritaires ou de reconstruire des génomes entiers.

Ce poste nécessite une solide compréhension des méthodes d'analyse génétique et des principes fondamentaux de la bioinformatique. De plus, le candidat doit avoir une bonne connaissance de l'un des langages de programmation tels que Python, Bash ou autre.

Les compétences suivantes sont requises pour ce poste :

• Expérience en analyse de NGS
• Connaissances en gestion de base de données
• Expérience en analyse de phylogénie
• Connaissance de l'un des langages de programmation tels que Python, Bash, R ou autre
• Capacité à travailler de manière efficace en équipe et en collaboration avec des chercheurs et des médecins
• Excellentes compétences en communication orale et écrite en français et en anglais